农民邻居自行协商将耕地改变用途用于通行是违法的。以下是对此问题的详细分析：

违法性分析

1. 违反土地管理法规：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，任何单位或个人都不得擅自改变土地用途。耕地是用于农业生产的土地，将其改变为通行道路，显然违反了土地管理法规中关于土地用途的规定。

2. 侵犯相邻权：

   • 即便邻居之间进行了自行协商，但改变耕地用途用于通行可能并未得到所有相关权利人的同意，特别是如果这一改变影响了其他邻居的合法权益（如排水、采光等），则可能构成对相邻权的侵犯。根据《中华人民共和国民法典》中关于相邻关系的规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。改变耕地用途用于通行，可能并未遵循这一原则。

3. 可能破坏土地资源：

   • 耕地是宝贵的土地资源，擅自改变其用途可能导致土地资源的破坏和浪费。如果这一行为导致了土地质量的下降或生态环境的破坏，还可能触犯更严重的环保法规。

处理建议

1. 立即停止违法行为：

   • 邻居之间应立即停止擅自改变耕地用途的行为，恢复土地原状，以避免进一步的法律后果。

2. 协商解决：

   • 如果邻居之间确实需要通行便利，可以通过协商的方式，在符合法律法规的前提下，寻找合法的解决方案。例如，可以共同申请调整土地用途规划，或者通过其他合法途径获得通行权。

3. 寻求法律帮助：

   • 如果协商无果，或者认为自己的合法权益受到了侵犯，可以向当地土地管理部门或法律机构寻求帮助。他们可以提供专业的法律意见和解决方案，帮助维护合法权益。

4. 注意证据收集：

   • 在处理此类问题时，应注意收集相关证据，如现场照片、视频、协商记录等。这些证据在后续的法律程序中可能起到关键作用。

总结来看，农民邻居自行协商将耕地改变用途用于通行是违法的，可能违反土地管理法规、侵犯相邻权并破坏土地资源。建议立即停止违法行为，并通过协商或法律途径解决相关问题。如果有任何法律疑问或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询。