结论：在检察机关依法扣押违法所得并已上缴国库的情况下，若法院对部分犯罪事实未予以认定，法院仍可根据已认定的犯罪事实作出判决。
分析：
扣押违法所得与判决的关系：
- 检察机关依法扣押违法所得并上缴国库，是执行刑事诉讼程序的一部分，旨在确保违法所得不被非法使用或隐匿。
- 扣押行为本身并不直接决定法院的判决结果。法院的判决是基于对犯罪事实的认定和法律的适用。
法院对犯罪事实的认定：
- 法院在审理案件时，会独立、客观地审查证据，认定犯罪事实。
- 若法院认为部分犯罪事实证据不足或不存在，有权不予以认定。
- 法院的判决是基于其认定的犯罪事实，而非检察机关扣押的违法所得。
判决的依据：
- 法院作出判决的依据是《中华人民共和国刑法》及相关司法解释，以及案件的具体事实和证据。
- 即使部分犯罪事实未被认定，只要法院认定存在其他犯罪事实，并符合犯罪构成要件，就可以依法作出判决。
可能的法律后果：
- 若法院认定的犯罪事实对应的刑罚较轻，被告人的刑罚可能会相应减轻。
- 若部分犯罪事实未被认定，但不影响整体犯罪的认定，法院仍会依法判处相应的刑罚。
- 被告人有权对未认定的犯罪事实提出上诉或申诉，但需在法定期限内进行。
建议：
- 对于被告人而言，若认为法院对部分犯罪事实的认定存在错误，应及时咨询专业律师，了解上诉或申诉的权利和程序。
- 被告人应积极配合法院的审理工作，提供真实、完整的证据和陈述，以维护自己的合法权益。
- 对于检察机关而言，应确保扣押违法所得的合法性和正当性，避免因扣押行为不当而影响案件的审理和判决。
总结：
在检察机关依法扣押违法所得并已上缴国库的情况下，法院对部分犯罪事实未予以认定，并不妨碍法院根据已认定的犯罪事实作出判决。判决的依据是法律和案件的具体事实，而非扣押行为本身。因此，被告人应关注法院对犯罪事实的认定，并依法维护自己的权益。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。