若法院已判决没收违法所得并上缴国库，当事人需按判决履行义务，具体处理方式如下：

1. 执行阶段配合义务
   判决生效后，法院会启动执行程序。若当事人是判决确定的义务人（如违法所得持有者），需主动配合法院执行，包括提供财产线索、协助清点财物等。若拒不配合，法院可采取查封、扣押、冻结等强制措施，甚至依法追究拒不执行判决罪的刑事责任。

2. 财产处置流程

   • 违法所得认定：法院会依据证据明确违法所得的范围（如赃款、赃物、非法收益等），排除合法财产部分。
     
   • 上缴国库程序：执行法院会将没收财产统一上缴至财政部门，通常通过银行转账或实物移交完成，当事人无权要求返还或折价补偿。
     
   • 特殊情形处理：若违法所得与他人合法财产混同（如用赃款购房但登记在亲属名下），法院可能通过拍卖、变卖后按比例返还合法部分，但需以生效判决为依据。

3. 权利救济途径

   • 申请复议：若认为判决存在事实认定错误（如违法所得金额计算有误），可在收到判决书之日起10日内向上一级法院申请复议，但需提供新证据或法律依据。
     
   • 执行异议：在执行阶段，若认为法院执行行为违法（如超范围查封），可向执行法院提出书面异议，法院需在15日内审查并答复。
     
   • 国家赔偿申请：极少数情况下，若法院错误执行导致合法财产损失，可依据《国家赔偿法》申请赔偿，但需证明执行行为违法且造成直接损失。

4. 后续法律影响

   • 刑事记录：若判决与刑事犯罪相关（如贪污、受贿），当事人会留下犯罪记录，可能影响就业、征信等。
     
   • 行政处罚衔接：若违法所得涉及行政违法（如非法经营），行政机关可能依据判决结果追加罚款、吊销执照等处罚。
     
   • 涉案财物返还：若后续发现违法所得中包含应返还被害人的财物（如诈骗款），法院会依法优先返还被害人，剩余部分上缴国库。

温馨提示：若对判决内容或执行程序有疑问，建议携带判决书等材料直接向我咨询，我会结合具体案情分析执行风险、救济路径及合规建议。