在建设工程施工合同中，若没有签证单等书面文件来直接证明合同的实际履行，我们可以通过其他多种证据来综合证实。以下是一些建议的证明方式，它们共同构成了证明施工合同实际履行的证据链：
一、工程进度与完成情况的证据
施工日志与记录：施工日志详细记录了每日的施工内容、人员出勤、材料使用等情况，是证明工程实际进行的重要依据。
照片与视频资料：通过拍摄施工现场的照片和视频，可以直观展示工程的进展和完成情况，尤其是关键节点的完成状态。
阶段性验收报告：即使没有最终的签证单，阶段性的验收报告也能证明工程在某一阶段已经完成并达到了相应的标准。
二、材料采购与使用的证据
材料采购合同与发票：材料采购合同和发票证明了为工程所需材料的购买行为，间接证明了工程的实际进行。
材料出入库记录：详细的材料出入库记录可以反映材料的实际使用情况，与施工日志相结合，可以进一步证明工程的实际进度。
三、人员出勤与工资支付的证据
人员出勤记录：包括工人、技术人员和管理人员的出勤记录，可以证明工程现场的人员投入情况。
工资支付记录：工资支付记录显示了为工程付出劳动的人员得到了相应的报酬，也是证明工程实际进行的重要证据。
四、来往信函与沟通记录
与业主或监理的来往信函：这些信函可能涉及工程变更、进度确认、问题解决等，是证明工程实际进行和双方沟通情况的重要文件。
会议纪要与沟通记录：定期的工程会议纪要和沟通记录可以反映工程进展中的问题和解决方案，也是证明工程实际进行的有力证据。
五、其他辅助证据
第三方检测报告：如质量检测报告、安全检测报告等，这些报告由第三方机构出具，具有较高的公信力，可以证明工程的质量和安全状况。
政府部门的检查与备案记录：政府部门对工程的定期检查和备案记录也是证明工程实际进行和合规性的重要证据。
六、合同履行情况说明书
在缺乏直接书面证据的情况下，编写一份详细的合同履行情况说明书也是必要的。这份说明书应包含工程的整体进展、关键节点的完成情况、遇到的问题及解决方案、以及未来计划等，以全面展示合同的履行情况。
综上所述，即使没有签证单等直接书面证据，我们也可以通过上述多种证据的综合运用来证明建设工程施工合同的实际履行。在实际操作中，建议根据具体情况选择合适的证据组合，并确保这些证据的真实性和关联性。