结论：法院一般不能直接从公司账户划扣被执行人公司给被执行人补交的两年社保费，但存在特殊情况时可能可以划扣。具体分析如下：
常规情况下的划扣限制
- 社保费缴纳具有法定性和专属性。公司为员工补交社保费，是基于《社会保险法》等法律法规规定的法定义务，社保费缴纳后进入社保基金账户，用于保障员工的社会保险权益，不属于被执行人个人直接可支配的财产。
- 法院执行程序针对的是被执行人名下可供执行的财产。在常规执行程序中，法院主要对被执行人名下的银行存款、房产、车辆等明确属于其个人所有的财产进行查封、扣押、冻结和划扣。公司账户中的资金，若属于公司正常经营资金，用于公司运营、支付员工工资、缴纳税费等合法用途，法院不能随意划扣用于偿还被执行人个人债务。
特殊情况下的划扣可能性
- 财产混同情况：如果被执行人作为公司股东，存在与公司财产混同的情形，例如将公司资金随意转入个人账户、用公司资金偿还个人债务等，导致公司财产与个人财产无法区分。在这种情况下，法院可能会认定公司财产中存在被执行人个人财产的成分，从而对公司账户中的资金采取执行措施，包括划扣用于偿还被执行人个人债务。但需要债权人提供充分的证据证明财产混同的事实，法院经过审查认定后才会进行划扣。
- 协助执行义务：如果公司作为协助执行义务人，在收到法院的协助执行通知书后，未按照要求履行协助义务，例如故意隐瞒、转移公司账户中的资金，妨碍法院执行。法院可能会对公司采取罚款等强制措施，并且在一定情况下，可能会对公司账户中的资金进行划扣，以保障执行程序的顺利进行。但这种情况是基于公司违反协助执行义务而产生的法律后果，并非直接针对公司为被执行人补交社保费这一行为。
建议：如果您是债权人，遇到被执行人公司可能涉及上述特殊情况，建议您及时收集相关证据，向法院申请采取相应的执行措施；如果您是被执行人公司，要确保公司财务独立，避免出现财产混同的情况，同时积极履行协助执行义务，以免承担不必要的法律责任。如果您还有其他关于执行程序方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。