结论：有单位交社保的党员，其组织关系保留在村里是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若党员工作单位无党组织，或单位党组织同意组织关系保留在村里
   根据《中国共产党党员教育管理工作条例》第二十五条，党员工作单位、经常居住地发生变动的，或者外出学习、工作、生活6个月以上并且地点相对固定的，应当转移组织关系。但若单位未建立党组织，或单位党组织明确同意党员将组织关系保留在户籍地（村里），则属于合法情形。此时，党员需定期向村里党组织汇报思想、参加组织生活，并履行党员义务。

2. 若党员工作单位已建立党组织，且未转移组织关系至单位
   若单位已设立党组织，党员应按规定将组织关系转入工作单位。若未转移且长期不参加单位党组织活动，可能违反《条例》中“党员应当增强党员意识，主动按月交纳党费，定期参加党组织活动”的要求。此时，村里党组织虽可临时接收组织关系，但长期保留可能不符合组织管理规范，需尽快协调转移至单位。

3. 特殊情形：退休党员、流动党员的组织关系管理

   • 退休党员：若退休后未被单位返聘或未参与其他单位工作，组织关系可保留在村里，但需按规定参加村里党组织活动。
     
   • 流动党员：若因工作原因需长期外出（如6个月以上），且单位无党组织，可向村里党组织申请开具《流动党员活动证》，在流入地参加组织生活，但组织关系仍保留在村里。

建议：

• 党员应优先将组织关系转入工作单位党组织，便于参加组织生活、履行义务。
  
• 若单位无党组织或存在特殊困难，需与村里党组织、单位沟通，明确组织关系管理方式，避免出现“空挂”或长期不参加组织生活的情形。
  
• 村里党组织应定期核查党员组织关系，对长期未参加活动的党员进行联系提醒，确保组织管理规范。

如有具体案例或地方政策疑问，可进一步向我咨询。