《已证实虚开通知单》在证据效力上存在显著局限，一般不宜直接作为刑事案件中的定案证据使用。以下从多个角度详细分析其证据效力问题：
一、法律性质与证据资格
内部行政行为属性：
- 《已证实虚开通知单》是税务机关在办理虚开案件中，各税务机关之间的协查材料，属于税务机关的内部文书。它并不直接送达行政相对人，对相对人的权利义务不产生直接影响。因此，从形式上看，它仅作为税务机关的内部行政公文，是委托案件协查的内部文件。
证据资格争议：
- 在刑事案件中，证据需要满足法定形式和证明案件事实的要求。《已证实虚开通知单》作为内部行政公文，其证据资格存在争议。它并不直接证明案件事实，而是需要受托方税务机关进一步开展调查，查明相关事实。
二、证据效力分析
不符合书证要求：
- 书证是指以其内容来证明待证事实的有关情况的文字材料。它一般是在行为发生过程中形成，而不是在事后形成，且其内容不以事后各方的主观意志为转移。《已证实虚开通知单》形成于事后，且体现出税务机关一定的主观性，因此不能作为书证使用。
不符合鉴定意见要求：
- 鉴定意见是鉴定人根据自己所掌握的专业知识和科学技术手段，对案件中所涉及的专门性问题进行分析判断后所形成的一种倾向性意见。出具鉴定意见需要具备司法鉴定资格，而税务机关及税务人员均不具备。此外，税务机关与涉税刑事案件的当事人具有一定的利害关系，将《已证实虚开通知单》作为鉴定意见，欠缺中立性。
缺乏事实支撑：
- 法律三段论要求大前提（法律规范）、小前提（事实依据）和结论。缺少了小前提即事实依据的《已证实虚开通知单》，其缺乏三段论的推理结构，欠缺证明效力。在未查实受托方企业具体情况的情形下，不应仅凭《已证实虚开通知单》就将受托方所在地企业定性为虚开。
三、实践中的问题与建议
侵害纳税人权利：
- 受托方税务机关经常在未查明事实的情况下，仅凭借《已证实虚开通知单》就认定纳税人构成虚开，不听取纳税人的陈诉、申辩，也不经任何调查，直接对纳税人作出税务处理决定及处罚。这种行为侵害了纳税人的权利，内部行政行为已经对外对纳税人形成了一定的拘束力。
司法机关应谨慎使用：
- 司法机关在办理涉税刑事案件时，应谨慎使用《已证实虚开通知单》作为证据。它仅能在刑事案件中作为侦查机关的侦办案件的线索，根据通知单所收集的证据才应该是证明案件事实的材料，作为证据使用。通知单也可以作为司法机关认定案件事实的参考依据之一，但不能直接作为庭审证据使用。
建议与措施：
- 税务机关在出具《已证实虚开通知单》时，应确保事实清楚、证据充分，避免对纳税人造成不必要的侵害。
- 司法机关在办理涉税刑事案件时，应加强对税务文书的审查，确保其符合证据资格和证明效力的要求。
- 纳税人如认为《已证实虚开通知单》侵害了其权利，应及时行使陈诉、申辩权，并通过法律途径维护自身合法权益。
总结来看，《已证实虚开通知单》在证据效力上存在显著局限，一般不宜直接作为刑事案件中的定案证据使用。司法机关在办理涉税刑事案件时，应谨慎审查其证据资格和证明效力，确保案件的公正处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。