结论前置：根据《民法典》相关规定，结合您描述的“付款200万转让款时协议生效”条款，需分情况判断协议效力，核心结论如下：

1. 若协议明确约定“付款200万时生效”（附生效条件）
   根据《民法典》第158条：“民事法律行为可以附条件，附生效条件的民事法律行为，自条件成就时生效。”

   • 条件成就：当受让方支付200万转让款时，协议生效，双方需按约定履行后续义务（如股权变更登记）。
     
   • 条件不成就：若未支付200万，协议未生效，双方均无权要求对方履行（如转让方不得强制要求受让方付款，受让方也不得要求转让方过户股权）。
     
   • 风险提示：若一方恶意阻止条件成就（如转让方故意拒收款项），法律视为条件已成就，协议生效；若一方虚假付款（如伪造转账记录），可能构成违约或欺诈，需承担法律责任。

2. 若协议未明确约定“生效”字样，仅约定“付款200万后履行”
   此时条款可能被认定为“履行条件”而非“生效条件”，协议自双方签字盖章时成立并生效，但付款200万是转让方履行股权变更义务的前提。

   • 法律后果：若受让方未付款，转让方有权拒绝过户股权，但不得主张协议未生效而拒绝其他协商（如修改付款方式）；若转让方已收款但拒不过户，受让方可要求强制履行或赔偿损失。

3. 若协议存在其他违法条款（如规避税费、损害第三人利益）
   即使约定“付款200万时生效”，协议也可能因违反法律强制性规定或公序良俗而无效（《民法典》第153条、第154条），此时付款条款不影响整体无效的认定。

实务建议：

• 明确条款性质：建议在协议中写明“本协议自受让方支付200万转让款时生效”，避免歧义。
  
• 保留付款证据：双方需留存转账记录、收款确认书等证据，防止纠纷时举证困难。
  
• 考虑分期支付：若200万金额较大，可约定分期付款及对应生效节点（如首期100万支付后协议部分生效），降低风险。
  

如有具体协议条款或纠纷细节，可进一步向我说明，我会结合《民法典》及司法实践为您详细分析。