结论前置：在破产清算程序中，若企业存在未开具税票的合同交易，是否需要补签合同需结合具体情况判断，但核心原则是依法履行纳税义务，确保交易真实性。以下分情况说明：
1. 若原合同真实存在但未开具税票
- 法律义务：根据《税收征收管理法》及《发票管理办法》，企业发生经营业务收取款项时，应向付款方开具发票。即使企业进入破产清算程序，原合同项下的纳税义务仍需履行，否则可能面临税务机关处罚（如罚款、滞纳金）。
- 操作建议：
- 补开发票：管理人应整理未开票的合同及交易记录，向交易对方补开发票，确保税务合规。
- 无需补签合同：若原合同已成立且交易真实，仅需补开发票，无需重新签订合同。但需保留合同原件、付款凭证等证据，以证明交易真实性。
2. 若原合同不存在或交易不真实
- 法律风险：若企业为逃税虚构交易、伪造合同，可能涉及偷税漏税甚至虚开发票罪（刑法第二百零五条），管理人需承担法律责任。
- 操作建议：
- 核查交易真实性：管理人应通过审计、银行流水、物流单据等证据，核实未开票交易是否真实发生。
- 拒绝补签虚假合同：若交易不真实，切勿补签合同或补开发票，否则可能构成共犯。应主动向税务机关说明情况，避免法律风险。
3. 破产清算中的特殊处理
- 税务优先权：根据《企业破产法》，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，需清偿职工工资、社保费用及税款。未开具税票可能导致税款无法准确核算，影响清偿顺序。
- 管理人职责：管理人应依法履行纳税申报义务，即使企业已停业，也需申报零申报或处理历史税款。若因未开票导致税款争议，可能需通过税务争议解决程序处理。
总结建议
- 优先核实交易真实性：通过财务记录、沟通记录等证据，确认未开票交易是否真实。
- 依法补开发票：若交易真实，及时补开发票，避免税务风险。
- 拒绝虚构交易：若交易不真实，切勿补签合同或补开发票，否则可能承担刑事责任。
- 咨询税务专业意见：涉及复杂税务问题时，可结合具体交易模式（如增值税、企业所得税等）进一步分析。
如有具体案例或合同文本需要审查，可直接向我提供细节，我将进一步为您分析。