在经济刑事案件中，没收违法经营所得通常指的是利润部分，而非全部收入。以下是对此问题的详细分析：
一、违法所得的定义与计算
违法所得，通常指的是行为人在进行违反国家法律、法规规定的活动时，通过实施国家法律、法规所明令禁止的行为，或者未能履行法定义务而获得的直接收益。在计算上，违法所得一般被视为利润的范畴，即总销售额扣除实际支出的部分。这意味着，在计算违法所得时，会扣除行为人为了获得该收益而实际支出的成本。
二、法律依据
《中华人民共和国刑法》：该法规定，犯罪分子所有的违法所得，应当全部予以追缴或者责令退还。这里的“违法所得”明确指的是通过违法活动获得的利润部分，而非全部收入。
《中华人民共和国行政处罚法》：虽然该法主要规范的是行政处罚，但其中也涉及到了违法所得的处理。在违法行为构成犯罪的情况下，人民法院判处罚金时，行政机关已经给予当事人罚款的，应当折抵相应罚金。这也间接说明了违法所得是利润性质，因为罚款和罚金都是针对违法活动的收益部分。
三、没收违法所得的目的与意义
没收违法所得是法律对违法活动的一种制裁方式，其目的在于剥夺违法者通过违法活动获得的非法利益，从而维护社会的公平正义和法律秩序。如果没收的是全部收入，而非利润部分，那么可能会对违法者的合法经营部分造成不必要的打击，这不符合法律制裁的初衷。
四、实际操作中的注意事项
在实际操作中，对于违法所得的认定和没收，需要依据具体的案件事实和法律规定进行。有时候，违法活动的成本可能难以准确计算，或者违法者可能通过其他方式掩盖其真实收益。在这种情况下，司法机关会根据案件的具体情况，结合相关证据和法律规定，对违法所得进行合理的认定和没收。
总结与建议：
在经济刑事案件中，没收违法经营所得通常指的是利润部分。如果你或你身边的人遇到了涉及经济刑事案件的问题，特别是关于违法所得的认定和没收方面的问题，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。