在职员工与公司发生劳动仲裁，不一定会被解雇，需分情况判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、公司一般不能仅凭员工申请仲裁就辞退

员工拥有申请劳动仲裁的法定权利，这是其维护自身权益的关键手段。公司通常不能仅因员工申请仲裁就随意辞退员工。例如，员工因公司拖欠工资、未缴纳社保等合法事由申请仲裁，公司不能以此为由将员工解雇。因为员工依法申请仲裁是正当行为，公司若因此辞退员工，属于违法解除劳动合同。

二、公司以申请仲裁为借口辞退员工，属违法解除

倘若公司以员工提起仲裁为由辞退，这属于违法解除劳动合同的情形。依据《劳动合同法》，用人单位不得因劳动者维护自身合法权益申请仲裁而解除劳动合同。员工提起仲裁是行使法律赋予的权利，公司此举违反法律规定。在这种情况下，员工可依据法律规定，要求公司恢复劳动关系或是获得违法解除劳动合同的赔偿金等。赔偿金标准为经济补偿标准的二倍，经济补偿按员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资。

三、员工申请仲裁期间严重违规，公司可依规辞退

但要是员工在申请仲裁期间有严重违反公司规定的行为，公司则可依照内部规章予以辞退。比如，员工在申请仲裁期间，多次旷工且无正当理由，严重违反了公司的考勤制度，公司可以依据规章制度将其辞退。不过，公司需要证明员工的行为确实严重违反了规章制度，并且该规章制度是经过民主程序制定、公示且内容合法的。

四、结合具体辞退理由和证据判断合法性

判断公司辞退是否合法，需从多方面分析。若公司以《劳动合同法》第三十九条情形，如员工严重违反用人单位规章制度、严重失职给单位造成重大损害等辞退，且能证明事实及制度合法性，辞退合法，无需补偿。例如，员工因故意泄露公司商业秘密，给公司造成了重大经济损失，公司依据规章制度将其辞退，且能提供充分证据证明员工的行为及造成的损失，那么这种辞退就是合法的。若依据第四十条非过失性辞退，如员工患病或非因工负伤，医疗期满不能从事原工作也不能从事另行安排工作等，公司需提前三十日书面通知或额外支付一个月工资，同时支付经济补偿。若公司无正当理由辞退，属于违法解除，员工可要求继续履行合同；不要求继续履行或合同已无法履行，公司应按经济补偿标准二倍支付赔偿金。

建议：当您在职期间与公司发生劳动仲裁时，要保留好相关证据，如劳动合同、考勤记录、工资条、仲裁申请书、辞退通知等。如果公司以不正当理由辞退您，您可以通过法律途径维护自己的权益，比如向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁要求公司恢复劳动关系或给予相应赔偿。如果您还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。