对于两家施工单位联合体中标但未领取施工许可证擅自施工的行为，主要会面临责令停止施工、限期改正以及罚款的处罚。具体分析如下：
一、法律依据与处罚措施
《建设工程质量管理条例》的相关规定：
- 根据该条例第五十七条，建设单位若未取得施工许可证或开工报告未经批准而擅自施工，将被责令停止施工，限期改正，并处以工程合同价款百分之一以上百分之二以下的罚款。虽然此条款直接针对的是“建设单位”，但在联合体中标的情况下，若联合体被视为一个整体的建设单位角色，则此条款同样适用。
《建筑工程施工许可管理办法》的相关规定：
- 该办法第十二条明确指出，对于未取得施工许可证或者为规避办理施工许可证将工程项目分解后擅自施工的，由有管辖权的发证机关责令停止施工，限期改正。对建设单位处工程合同价款1%以上2%以下罚款；对施工单位处3万元以下的罚款。在联合体中标的情况下，若联合体中的施工单位未取得施工许可证擅自施工，则施工单位将面临3万元以下的罚款。同时，若联合体被视为建设单位，则还需承担工程合同价款百分之一以上百分之二以下的罚款。
二、处罚的严重程度与影响因素
- 工程规模与影响：处罚的严重程度可能因工程规模、影响范围以及违规行为的严重性而有所不同。例如，对于大型工程或造成严重危害后果的违规行为，处罚可能会更加严厉。
- 违规行为的持续性：若违规行为持续存在且未得到及时纠正，处罚力度可能会加大。
- 历史违规记录：若施工单位或联合体有历史违规记录，可能会影响此次处罚的严重程度。
三、实际案例与处罚标准
- 在实际执法中，对于未取得施工许可证擅自施工的行为，执法部门会根据具体情况进行裁量。例如，对于轻微违法行为（如虽不符合开工条件但经责令停止施工后能立即停止施工且能在30日内改正，且没有造成危害后果的），可能会责令改正而不予罚款。
- 对于一般违法行为（如市政工程属于小型工程的；其他涉案工程面积在20000㎡以下的），可能会处以工程合同价款1%以上1.3%以下的罚款。
- 对于严重或特别严重的违法行为（如市政工程属于中型或大型工程的；其他涉案工程面积在20000㎡以上或造成严重危害后果的），处罚将会更加严厉。
四、建议与后续行动
- 立即停止施工：一旦发现未取得施工许可证擅自施工的情况，应立即停止施工以避免进一步的法律风险和损失。
- 积极配合调查：与执法部门积极配合，提供必要的资料和证据，以便执法部门能够准确了解情况并作出合理的处罚决定。
- 及时补办手续：在停止施工的同时，应尽快补办施工许可证等相关手续，以确保工程的合法性和顺利进行。
- 加强内部管理：施工单位和联合体应加强内部管理，确保在未来的工程中严格遵守相关法律法规和规定，避免类似违规行为的发生。
在实际操作中，如果遇到此类问题，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更精确的法律建议。