将股权转让款写成借条，确实可能构成意思表示不真实，这主要取决于双方的真实意图以及协议的具体内容。以下从几个角度进行详细分析：

一、意思表示真实的界定

在法律上，意思表示真实是指行为人作出的意思表示与其内心的真实意愿相一致。若双方在签订借条时，真实意图并非借款，而是将原本的股权转让款以借条的形式体现，那么这种意思表示就是不真实的。

二、股权转让与借款的本质区别

1. 股权转让：是指股东将其所持有的公司股权依法转让给他人的行为，它涉及的是股权所有权的转移。
2. 借款：则是指借款人向出借人借用资金，并承诺在一定期限内还本付息的行为，它涉及的是资金的使用权转移。

由于股权转让与借款在本质上存在显著差异，因此将股权转让款写成借条，实际上是在试图以合法形式掩盖非法目的（即规避股权转让的相关法律规定），这种行为在法律上是不被认可的。

三、可能导致的法律后果

1. 协议无效：如果法院认定双方签订借条的意思表示不真实，且是以合法形式掩盖非法目的，那么该借条将被认定为无效。
2. 法律责任：除了协议无效外，如果双方的行为构成欺诈、胁迫等违法行为，还可能面临相应的法律责任。
3. 交易风险：即使借条在形式上看起来合法有效，但由于其背后的真实意图是股权转让，因此在实际操作中可能面临诸多不确定性和风险，如税务问题、公司治理问题等。

四、建议与操作

1. 明确真实意图：双方在进行股权转让时，应明确各自的真实意图，并避免将股权转让款写成借条等可能引发争议的形式。
2. 签订合法协议：双方应签订合法的股权转让协议，明确股权转让的具体条款和条件，以确保交易的合法性和有效性。
3. 咨询专业律师：在进行股权转让等复杂交易时，建议咨询专业律师的意见，以确保交易的合法合规并降低潜在的法律风险。

举例说明：假设A公司股东B欲将其持有的股权转让给C，但双方为了规避某些税费或手续，决定将股权转让款写成借条。这种行为在法律上是不被认可的，因为借条背后的真实意图是股权转让，而非借款。如果因此引发争议，法院可能会认定该借条无效，并要求双方按照真实的股权转让关系进行处理。

综上所述，将股权转让款写成借条可能构成意思表示不真实，并可能导致协议无效、法律责任以及交易风险等不利后果。因此，在进行股权转让时，双方应明确真实意图并签订合法协议。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。