患者在自己工作的科室就医并开具的证明，其法律效力需分情况讨论，具体如下：

1. 证明内容真实且符合诊疗规范时有效
   若患者因实际病情需要，在其工作的科室接受规范诊疗，医生根据客观检查结果开具的诊断证明、病历记录等文件，只要内容真实、程序合法，即具有法律效力。例如，某医院护士因感冒到本科室就诊，医生开具的“上呼吸道感染”诊断证明，可用于请假或报销，此时证明有效。
   法律依据：根据《民法典》第1218条，医疗机构及其医务人员因过错造成患者损害的，需承担赔偿责任。但此条款反向说明，若医务人员无过错且诊疗行为合规，其出具的证明应被认可。

2. 存在利益冲突或程序违规时可能无效
   若患者利用职务便利，要求医生开具与实际病情不符的证明（如虚构病情、夸大严重程度），或医生未履行诊疗义务直接出具证明，此类证明可能因缺乏真实性或违反诊疗规范而被认定为无效。例如，某医生为同事开具“需休息两周”的假条，但同事并无明显症状，该证明可能被用人单位或司法机关质疑。
   法律后果：根据《医师法》第56条，医师在执业活动中出具虚假医学证明文件的，可能面临警告、暂停执业或吊销执业证书的处罚；若因此造成患者或第三方损害，还需承担民事赔偿责任。

3. 证明用途影响效力认定

   • 用于合法目的（如医疗报销、病假申请）：若证明内容真实，通常被认可。
     
   • 用于非法目的（如骗取保险、逃避责任）：即使证明形式合法，也可能因目的违法而被认定无效，甚至涉及刑事责任（如保险诈骗罪）。

建议：

• 对患者而言，应如实陈述病情，避免要求医生开具不实证明；
  
• 对医生而言，需严格遵循诊疗规范，拒绝不合理请求，必要时可要求患者签署《病情告知书》留存证据；
  
• 若证明效力被质疑，可申请医疗事故技术鉴定或通过司法程序确认其真实性。

如有具体纠纷，可直接向我咨询，我将结合病历、证明内容等细节进一步分析。