针对您提出的事业单位合同工贪污两万的问题，以下是我为您提供的详细处理流程和可能涉及的法律后果：
一、处理流程
内部调查启动：
- 事业单位在发现或接到贪污线索后，其纪检监察部门或专门的监督机构会立即启动调查程序。
- 调查小组会负责全面、客观地收集证据，包括查阅相关财务记录、询问相关证人、检查办公场所等。
形成调查报告：
- 调查小组在收集完证据后，会形成一份详细的调查报告。
- 报告内容会包括事实查明、证据分析以及定性分析，为后续的处理提供坚实的依据。
纪律处分决定：
- 根据调查报告的结论，事业单位会依据相关规定，对涉事员工给予相应的纪律处分。
- 处分种类可能包括警告、记过、降低岗位等级、撤职直至开除，具体取决于贪污行为的情节轻重。
行政责任与处罚：
- 如果贪污行为涉及了相关的法律法规，那么相关的行政部门也会依法进行行政处罚，如罚款、吊销执业证书等。
刑事责任追究：
- 对于涉嫌犯罪的贪污行为，如贪污罪，事业单位会将案件移送公安机关或检察机关处理。
- 涉事员工将经历立案、侦查、起诉、审判等司法程序，根据《中华人民共和国刑法》的规定，依据贪污数额和情节严重程度判处相应的刑罚。
二、法律后果
纪律处分：
- 涉事员工将受到事业单位内部的纪律处分，这可能会影响其职业生涯和声誉。
行政处罚：
- 如果贪污行为违反了相关行政法规，涉事员工还可能面临行政处罚，如罚款、吊销执业资格等。
刑事责任：
- 对于贪污数额较大或情节严重的行为，涉事员工可能构成贪污罪，面临有期徒刑、无期徒刑、罚金、没收财产等刑事处罚。
经济损失赔偿：
- 涉事员工还需要赔偿因其贪污行为给事业单位造成的经济损失。
三、预防与警示
- 事业单位应建立健全的财务管理制度和监督机制，加强内部控制，以预防贪腐行为的发生。
- 定期开展廉政教育和法制宣传，提高员工的法律意识和职业道德水平，也是防止贪腐行为的重要手段。
综上所述，事业单位合同工贪污两万将面临严格的内部调查、纪律处分、行政处罚乃至刑事责任的追究。同时，涉事员工还需要赔偿因其行为给单位造成的经济损失。因此，我强烈建议所有事业单位员工都要严格遵守法律法规和单位规章制度，切勿触碰法律红线。