针对您提出的“招标代理公司被检查的时候不配合怎么处罚”的问题，以下是我根据相关法规及公开信息给出的详细解答：
首先，需要明确的是，招标代理公司在被检查时若不配合，这通常被视为一种违规行为，其严重程度会根据具体情节和造成的后果来判定。一般来说，这种违规行为可能会受到行政处罚，甚至在情节严重的情况下，还可能涉及刑事责任。
一、违法情节一般的情况
当招标代理机构及责任人员的违规行为造成一定后果，但尚未达到特别严重的程度时，通常会面临以下处罚：
对单位罚款：根据违规行为的严重程度，可能会被处以五万元以上二十五万元以下的罚款。
对个人罚款：对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员，可能会被处以单位罚款数额百分之五以上百分之十以下的罚款。
没收违法所得：如果招标代理公司在违规行为中获得了违法所得，那么这部分所得也将被没收。
二、违法情节较重的情况
如果招标代理机构及责任人员的违规行为情节严重，那么可能会面临更为严厉的处罚：
暂停或取消招标代理资格：根据违规行为的严重程度，可能会被暂停直至取消招标代理资格。这意味着该公司将暂时或永久失去从事招标代理业务的资格。
追究刑事责任：如果违规行为构成犯罪，那么相关责任人员将依法被追究刑事责任。这可能包括有期徒刑、罚金等刑罚。
承担赔偿责任：如果违规行为给他人造成了损失，那么招标代理公司还需要依法承担赔偿责任。
三、建议与提醒
对于招标代理公司而言，遵守相关法律法规和监管要求是非常重要的。在被检查时，应积极配合监管部门的工作，提供真实、准确、完整的信息和资料。如果遇到任何问题或困难，应及时与监管部门沟通并寻求解决方案。
同时，我也建议招标代理公司加强内部管理，建立健全的合规制度和风险控制机制，以降低违规风险并提升公司的整体竞争力。
综上所述，招标代理公司在被检查时不配合可能会面临严重的处罚。因此，公司应高度重视合规工作，确保业务活动的合法性和规范性。