科室内部节假日加值班是否违法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合法情形

• 自愿加班且支付加班费：
  根据《劳动法》第四十四条，若员工在法定节假日加班，用人单位需支付不低于工资300%的加班费；在休息日加班且无法调休的，需支付不低于工资200%的加班费。若科室内部节假日加值班是员工自愿，且用人单位依法支付了加班费，则不违法。
• 特殊行业或岗位需求：
  对于医疗、交通、公共安全等特殊行业，因工作性质需在节假日安排值班，且符合行业规定或劳动合同约定，通常视为合法。但需确保员工权益，如安排补休或支付加班费。

2. 违法情形

• 强制加班且未支付加班费：
  若用人单位强制员工在节假日加值班，且未支付加班费或未安排补休，则违反《劳动法》第四十四条。员工有权拒绝强制加班，并可要求用人单位支付加班费或补休。
• 超过法定加班时长：
  根据《劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要安排加班，每日不得超过1小时，特殊原因下每日不得超过3小时，每月累计不得超过36小时。若科室内部节假日加值班时长超过法定限制，则违法。
• 未保障员工休息权：
  若用人单位长期安排员工在节假日加值班，导致员工无法享受法定休息日或年休假，可能违反《劳动法》第三十八条关于劳动者休息权的规定。

3. 员工权益保护建议

• 保留证据：
  若遇到违法加值班情形，员工应保留加班通知、考勤记录、工资条等证据，以便后续维权。
• 与用人单位协商：
  员工可先与用人单位协商，要求支付加班费或安排补休。若协商无果，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 拒绝强制加班：
  根据《劳动法》第三十一条，劳动者有权拒绝用人单位管理人员违章指挥、强令冒险作业。若遇到强制加班，员工可依法拒绝。

4. 用人单位合规建议

• 完善加班制度：
  用人单位应制定明确的加班制度，明确加班审批流程、加班费支付标准及补休安排，避免因制度不完善导致违法。
• 尊重员工意愿：
  在安排节假日加值班时，应充分尊重员工意愿，避免强制加班。可通过调休、补贴等方式激励员工自愿加班。
• 定期自查：
  用人单位应定期自查加班情况，确保符合《劳动法》规定，避免因违法加值班引发劳动纠纷。

总结：科室内部节假日加值班是否违法，需结合加班是否自愿、是否支付加班费、是否超过法定时长等因素综合判断。若遇到违法情形，员工可依法维权；用人单位也应加强合规管理，避免法律风险。如有具体问题，可直接向我咨询。