结论：公司能否将房租发票入账，需分情况讨论，具体如下：

1. 若法定代表人以公司名义签订租房合同，且房租实际由公司承担
   根据《企业所得税法》及《发票管理办法》规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出（包括房租），应凭合法有效凭证（如发票）税前扣除。此时，即使发票抬头为法定代表人个人，但若能证明房租实际由公司支付（如银行转账记录、公司报销凭证等），且合同主体为公司，则公司可调整发票抬头或通过税务机关代开合规发票后入账。若无法调整，可能面临税务机关不予认可的风险，需补缴企业所得税及滞纳金。

2. 若法定代表人以个人名义签订租房合同，但房租实际用于公司经营
   根据《民法典》合同相对性原则，个人名义签订的合同权利义务由个人承担。此时，发票抬头为个人，公司直接入账可能被认定为“票款不一致”，违反《发票管理办法》中“发票开具应与实际经营业务相符”的规定。税务机关可能要求公司调增应纳税所得额，并处以罚款。但若公司能通过补充协议、情况说明等材料，证明房租实际用于公司经营（如提供租赁房屋作为办公场地的照片、员工考勤记录等），可尝试与税务机关沟通，争取按实际用途入账。

3. 若法定代表人同时为公司股东，且租房合同与个人生活混同
   若租赁房屋部分用于公司经营、部分用于法定代表人个人居住，则需按比例分摊房租。此时，公司仅能将用于经营部分的房租及对应发票入账，个人部分需由法定代表人自行承担。若发票未分摊，公司全额入账可能被税务机关认定为“虚构业务”，面临更严厉的处罚。

建议：

• 优先以公司名义签订租房合同，并确保发票抬头、付款方与合同主体一致；
  
• 若已以个人名义签订合同，建议尽快补签三方协议（出租方、法定代表人、公司），明确房租实际承担方及用途；
  
• 保留完整的资金流、物流证据（如转账记录、租赁房屋使用证明等），以备税务检查。
  

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