针对您提出的关于施工单位作为土地复垦义务人的相关规定问题，我将结合《土地复垦条例》的相关内容，为您进行详细解答。
首先，我们需要明确的是，《土地复垦条例》第三条明确规定了土地复垦的原则，即“谁损毁、谁复垦”。这一原则的核心在于，确定造成土地损毁的责任主体，并由该责任主体承担土地复垦的义务。
针对您提到的第一个问题：“针对总承包施工单位自行办理的临时用地是否可以认定为第三条中的‘谁损毁,谁复垦’中的‘谁’”，我们可以这样理解：
如果总承包施工单位在自行办理的临时用地过程中，确实造成了土地的损毁（例如，因施工活动导致土地表面破坏、土壤结构改变等），那么根据“谁损毁、谁复垦”的原则，该施工单位就应当被认定为复垦义务人，即需要承担土地复垦的责任。
接下来，针对您提到的第二个问题：“针对总承包施工单位自行办理的临时用地是否可以认为其就是第三条中的‘生产建设单位’”，我们可以从以下几个方面进行分析：
定义理解：在《土地复垦条例》的语境下，“生产建设单位”通常指的是进行生产建设活动并因此可能造成土地损毁的单位或个人。总承包施工单位在自行办理临时用地并进行施工活动时，确实属于进行生产建设活动的范畴。
责任归属：如果总承包施工单位在临时用地上的施工活动导致了土地损毁，那么根据条例的规定，它就有义务进行土地复垦。在这种情况下，可以将其视为“生产建设单位”，并承担相应的复垦责任。
实际操作：在实际操作中，是否将总承包施工单位视为“生产建设单位”并确定其为复垦义务人，还需要根据具体的施工活动、土地损毁情况以及相关法律法规和政策要求进行综合判断。
综上所述，如果总承包施工单位在自行办理的临时用地过程中造成了土地损毁，那么根据《土地复垦条例》第三条的规定，它应当被认定为复垦义务人，并承担相应的土地复垦责任。同时，在符合条例规定的情况下，也可以将其视为“生产建设单位”。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的解释，请随时告诉我。