甲方用抵扣券支付工程款是否违法，需视具体情况而定，但一般情况下，若双方合同未明确约定且抵扣券支付方式不符合法律规定或行业惯例，则可能构成违法或违约行为。以下从不同角度为您详细分析：

1. 合同约定角度

• 有明确约定：如果甲乙双方在建设工程合同中明确约定了工程款支付方式包括抵扣券，并且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么甲方使用抵扣券支付工程款是合法的。
• 无明确约定：若合同中未提及抵扣券作为支付方式，甲方单方面决定使用抵扣券支付，则可能构成违约。因为工程款支付方式属于合同的重要条款，未经双方协商一致，任何一方不得擅自变更。

2. 法律规定角度

• 货币支付原则：根据《中华人民共和国民法典》及相关法律规定，工程款通常应以货币形式支付。除非法律另有规定或双方另有约定，否则甲方不得以非货币形式（如抵扣券）替代货币支付。
• 抵扣券的合法性：抵扣券本身需合法有效。如果抵扣券是甲方自行发行的，且未经过相关监管部门批准或备案，或者存在欺诈、虚假宣传等违法行为，那么使用该抵扣券支付工程款也是违法的。

3. 行业惯例与公平原则

• 行业惯例：在建设工程领域，工程款支付通常遵循一定的行业惯例。如果抵扣券支付方式不符合行业惯例，且未得到乙方的认可，那么甲方强行使用抵扣券支付可能引发纠纷。
• 公平原则：根据公平原则，合同双方的权利义务应当对等。如果甲方使用抵扣券支付工程款，而抵扣券的价值、使用范围等对乙方不利，导致乙方实际收到的工程款价值低于合同约定，那么这种支付方式可能违反公平原则。

4. 法律后果与建议

• 法律后果：如果甲方违法使用抵扣券支付工程款，乙方有权要求甲方按照合同约定以货币形式支付工程款，并可能要求甲方承担违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
• 建议：为避免纠纷，甲乙双方在签订建设工程合同时，应明确约定工程款支付方式，包括是否接受抵扣券支付、抵扣券的种类、价值、使用范围等。如果合同中未约定或约定不明确，双方应及时协商补充约定。

总结来说，甲方用抵扣券支付工程款是否违法，需根据合同约定、法律规定、行业惯例以及公平原则等多方面因素进行综合判断。如果您作为乙方对此有疑问或担忧，建议直接与我沟通，以便更准确地评估风险并采取相应的法律措施。