行政赔偿案件判决后仍然可以进行协商（调解）。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律依据与调解的可行性
根据《中华人民共和国行政诉讼法》第六十条的规定，人民法院在审理行政案件时，原则上不适用调解。但行政赔偿、补偿及行政机关行使自由裁量权的案件例外，可以进行调解。这意味着，在行政赔偿案件中，即使已经作出了判决，只要符合相关条件，仍然存在调解的可能性。
二、判决后调解的实践操作
判决生效前：
- 在判决生效前，如果当事人对判决结果有进一步协商解决纠纷的意愿，可以向法院提出调解申请。法院在审查符合法律规定和自愿原则后，会组织调解。此时，双方可以就赔偿方式、赔偿项目和赔偿数额等进行协商，并达成调解协议。
- 若达成调解协议，原告可以申请撤诉，法院经审查后若认为符合撤诉条件，会裁定准许撤诉，案件就此终结。
判决生效后（执行阶段）：
- 即使判决书已经生效，在执行阶段同样能进行调解，即执行和解。双方当事人可以自行和解达成协议，执行员会将协议内容记入笔录，由双方当事人签名或者盖章。
- 一方当事人不履行和解协议的，对方当事人可以申请恢复对原生效法律文书的执行。不过，执行和解需基于双方自愿、平等的基础上进行，并且和解内容不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。
三、调解的基本原则与效力
基本原则：
- 调解应遵循自愿、合法原则。任何一方不得被迫接受调解方案，且调解内容必须符合法律规定，不得损害国家利益、社会公共利益和他人的合法权益。
调解的效力：
- 双方达成的调解协议具有法律效力。行政机关应按照协议履行赔偿义务。如行政机关不履行调解协议，赔偿请求人有权向人民法院申请强制执行。
四、调解在实践中的应用与意义
应用：
- 在征地拆迁等涉及行政赔偿的案件中，调解已成为解决纠纷的重要方式之一。通过调解，可以更好地平衡行政机关与行政相对人的利益，促进社会稳定和谐。
意义：
- 调解有助于化解行政机关与行政相对人之间的矛盾，提高纠纷解决效率，降低解决成本。同时，确保行政相对人能获得及时、有效的赔偿，修复受损的社会关系。
建议：如果您在行政赔偿案件判决后仍有协商（调解）的意愿，可以向法院提出申请，或者在执行阶段与对方自行和解。但请务必遵循自愿、合法原则，确保调解内容不损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。如果您在此过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。