在起诉时，医疗费中基金支付部分和个人支付部分应分别处理，但均可作为主张赔偿的依据。具体分析如下：

1. 基金支付部分
   若医疗费中部分费用已通过医保、工伤保险等基金支付，起诉时仍可主张该部分费用，但需注意：

   • 需提供基金支付凭证（如医保结算单），证明实际发生的医疗费用总额；
     
   • 被告可能主张扣除基金已支付部分，但根据《社会保险法》第三十条，基金支付部分不影响侵权人（如肇事方）的赔偿责任，即侵权人需全额赔偿，基金支付部分可由社保部门另行追偿。
     
   • 例外：若基金支付基于工伤保险，且侵权人为第三人（如交通事故），则工伤基金支付后，劳动者仍可向第三人主张全额赔偿（包括基金已支付部分）。

2. 个人支付部分
   个人实际支付的医疗费（如自费药、未报销部分）可直接作为赔偿请求，需提供：

   • 医疗费发票、费用清单等原始凭证；
     
   • 病历、诊断证明等佐证费用与侵权行为的关联性。
     
   • 注意：若个人支付部分包含非必要医疗费用（如过度治疗），可能被法院酌情扣减。

3. 起诉时的操作建议

   • 主张总额：在起诉状中列明医疗费总额（含基金支付和个人支付部分），并附完整证据；
     
   • 说明支付情况：在证据清单中注明哪些费用由基金支付、哪些由个人支付；
     
   • 引用法条：可依据《民法典》第一千一百七十九条（人身损害赔偿范围）主张医疗费，同时说明基金支付不影响侵权责任。

总结：基金支付部分和个人支付部分均可主张，但需通过证据区分并说明法律关系。如有具体案件细节（如是否涉及工伤、交通事故等），可进一步提供信息以便针对性分析。