总承包合同主合同约定9个点，是否可签13个点的补充协议，需分情况讨论：

1. 若主合同与补充协议均合法有效，且内容不冲突：

   • 理论上，双方可以在不违反法律法规强制性规定、不损害国家、集体或第三人利益的前提下，通过补充协议对主合同的内容进行变更或补充。若主合同中约定的9个点（可能是指某种费率、比例或金额等）并非强制性规定，且双方协商一致愿意将这一比例或金额调整为13个点，那么签订这样的补充协议在法律上是可行的。
   • 但需注意：补充协议的内容不得与主合同的基本原则或主要目的相悖，否则可能导致补充协议无效或部分无效。

2. 若主合同或补充协议存在违法情形：

   • 如果主合同或补充协议中的条款违反了法律法规的强制性规定，或者损害了国家、集体或第三人的利益，那么这样的条款或协议将是无效的。例如，如果约定的费率或比例超出了法律规定的上限，或者涉及非法交易、行贿受贿等违法行为，那么这样的补充协议将不会被法律所认可。
   • 法律后果：无效的合同或条款自始没有法律约束力，双方因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失；双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。

3. 从建设工程合同实践角度考虑：

   • 在建设工程领域，合同条款的变更往往涉及到工程价款、工期、质量等多个方面。如果双方约定将主合同中的9个点变更为13个点，且这一变更涉及到工程价款的调整，那么需要确保这一调整符合行业惯例、公平合理，并且不会对工程的质量和进度产生不利影响。
   • 建议：在签订补充协议前，双方应充分协商、明确变更的内容和影响，并考虑是否需要聘请专业机构进行评估或审计。

4. 从合同变更的程序角度考虑：

   • 合同的变更通常需要遵循一定的程序，如双方协商一致、签订书面变更协议等。如果双方想要将主合同中的9个点变更为13个点，那么需要按照合同约定的变更程序进行操作。
   • 注意事项：在变更过程中，双方应保留好相关的证据材料，如协商记录、变更协议等，以备不时之需。

总结与建议：

• 总承包合同主合同约定9个点，是否可签13个点的补充协议，取决于主合同与补充协议的内容是否合法有效、是否冲突，以及是否符合行业惯例和公平合理原则。
• 在签订补充协议前，建议双方充分协商、明确变更的内容和影响，并考虑是否需要聘请专业机构进行评估或审计。
• 如果对合同变更的法律后果或程序存在疑问，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助。

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