收取超用地面积指标款是否违法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
合法情形
基于合法协议或合同：
- 如果超用地面积指标款是基于双方自愿、平等、公平的原则，通过合法协议或合同明确约定的，且该协议或合同不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么收取该款项可能是合法的。例如，在某些土地开发项目中，开发商与土地所有者或使用者之间可能就超用地面积的补偿问题达成协议，并明确约定了补偿标准和方式。
政府或相关部门批准：
- 在某些情况下，政府或相关部门可能根据城市规划、土地利用等需要，批准对特定地块进行超面积使用，并可能要求支付相应的费用。这种情况下，收取超用地面积指标款是合法的，因为它是基于政府或相关部门的批准和授权。
违法情形
违反法律法规：
- 如果收取超用地面积指标款的行为违反了相关法律法规的规定，如未经批准擅自超面积使用土地、未按照规定的程序和标准支付土地出让金等，那么该行为就是违法的。这种情况下，收取款项的一方可能面临行政处罚或刑事责任。
欺诈、胁迫等手段：
- 如果收取超用地面积指标款是通过欺诈、胁迫等不正当手段实现的，那么该行为也是违法的。例如，一方以虚假信息或威胁手段迫使另一方支付超用地面积指标款，这种行为不仅违反了法律法规，也损害了另一方的合法权益。
法律建议
- 核查合法性：在收取或支付超用地面积指标款前，务必核查相关行为的合法性，确保符合法律法规的规定。
- 签订合法协议：如果涉及超用地面积指标款的支付问题，建议双方签订合法、有效的协议或合同，明确约定双方的权利和义务。
- 咨询专业律师：对于复杂的土地法律问题，建议咨询专业律师以获取准确的法律意见和指导。
若您遇到收取超用地面积指标款的相关问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。