电动三轮车载客肇事致人死亡且存在非法营运行为时，责任承担需从刑事、民事、行政三方面综合分析，具体如下：

一、刑事责任：可能构成交通肇事罪或更重罪名

1. 交通肇事罪
   根据《刑法》第133条，若电动三轮车驾驶员因违反交通运输管理法规（如超速、酒驾、违规载客等）导致重大事故，致人死亡，可处3年以下有期徒刑或拘役；若肇事后逃逸或有其他恶劣情节（如故意破坏现场），处3-7年有期徒刑；若因逃逸致人死亡，处7年以上有期徒刑。
   关键点：非法营运本身违反交通运输管理法规，若其行为与乘客死亡存在直接因果关系（如车辆超载导致失控），即符合交通肇事罪构成要件。

2. 以危险方法危害公共安全罪
   若驾驶员主观上对死亡结果持故意或放任态度（如明知车辆存在重大安全隐患仍载客、严重超载等），可能构成此罪。根据《刑法》第114-115条，尚未造成严重后果的，处3-10年有期徒刑；致人重伤、死亡或重大财产损失的，处10年以上有期徒刑、无期徒刑或死刑。
   区分点：交通肇事罪为过失犯罪，而此罪为故意犯罪，量刑更重。

二、民事责任：需赔偿家属全部损失

根据《民法典》第1165条（侵权责任）及第1179条（人身损害赔偿），驾驶员需向死者家属赔偿：

1. 丧葬费：按受诉法院所在地上一年度职工月平均工资标准，以6个月总额计算。
   
2. 死亡赔偿金：按受诉法院所在地上一年度城镇居民人均可支配收入标准，按20年计算（60周岁以上每增1岁减1年，75周岁以上按5年计算）。
   
3. 被扶养人生活费：若死者有未成年子女或无劳动能力的父母，需按受诉法院所在地上一年度城镇居民人均消费支出标准计算。
   
4. 其他费用：如家属处理丧事的交通费、误工费等。
   

示例：若死者40岁，城镇居民，上一年度人均可支配收入为5万元，则死亡赔偿金为100万元（5万×20年）；若丧葬费为当地职工月均工资8000元，则丧葬费为4.8万元（8000×6）。

三、行政责任：非法营运将面临处罚

根据《道路运输条例》第63条，未取得道路运输经营许可擅自从事客运经营的，由县级以上道路运输管理机构责令停止经营，没收违法所得，并处违法所得2-10倍罚款；无违法所得或违法所得不足2万元的，处3-10万元罚款。
延伸后果：若驾驶员因非法营运被行政处罚，该记录可能影响其后续从事合法运输行业的资格。

四、责任认定的关键：因果关系与主观过错

1. 因果关系：需证明驾驶员的非法营运行为（如超载、违规驾驶）与乘客死亡存在直接联系。例如，若车辆因超载导致刹车失灵引发事故，则因果关系成立。
   
2. 主观过错：刑事责任需区分过失（交通肇事罪）与故意（以危险方法危害公共安全罪）；民事责任则适用过错推定原则，驾驶员需证明自己无过错（如车辆故障非自身原因导致）才能免责。

五、建议：立即采取的措施

1. 保留证据：现场照片、视频、证人联系方式、医疗记录等。
   
2. 配合调查：如实向交警陈述事故经过，避免逃逸或伪造现场。
   
3. 协商赔偿：可与家属协商赔偿方案，但需注意保留书面协议。
   
4. 咨询律师：刑事责任可能涉及量刑谈判，民事赔偿需精准计算，建议尽快委托律师介入。

总结：电动三轮车非法营运载客致人死亡，驾驶员可能同时面临刑事追责、民事赔偿和行政处罚。具体责任需结合事故细节（如违规行为、主观意图）认定，建议立即联系律师制定应对方案。