针对您提到的公司让签一个协议，声称是合作关系而不是雇佣关系的情况，以下是我的分析和建议：
协议性质判断：
- 首先，要明确的是，协议的性质并非仅由协议的名称或公司的单方面声明来决定。关键在于协议的实际内容以及双方在实际工作中的关系。如果协议中规定了您需要遵守公司的规章制度、接受公司的管理、由公司支付报酬等，那么这些特征更符合雇佣关系的特征，而非合作关系。
- 合作关系通常意味着双方在平等的基础上，各自独立承担责任，共同完成某项任务或项目，且双方在合作过程中保持相对的独立性。
法律后果分析：
- 如果公司试图通过签订此类协议来规避雇佣关系下的法律责任（如社会保险、工伤保险等），这是不合法的。一旦发生纠纷，法院或劳动仲裁机构会根据实际情况来判断双方的关系，并据此作出裁决。
- 如果您实际上处于雇佣关系中，但公司却以合作关系为由拒绝承担相应的法律责任，您有权通过法律途径来维护自己的权益。
建议与行动：
- 在签订任何协议之前，请务必仔细阅读协议内容，并咨询专业律师（如我）的意见，以确保您的权益得到充分保障。
- 如果您已经签订了此类协议，并且发现协议内容与实际工作情况不符，或者公司试图通过协议来规避法律责任，您可以考虑与公司进行协商，或者向劳动仲裁机构或法院提起诉讼来维护自己的权益。
- 在此过程中，请保留好所有与工作相关的证据，如工资单、工作记录、与公司的沟通记录等，这些证据在后续的法律程序中可能会起到关键作用。
注意事项：
- 不要轻易相信公司的口头承诺或单方面声明，一切应以书面协议为准。
- 在签订协议时，要特别注意协议中的条款是否合法、合理，是否侵犯了您的合法权益。
总之，面对公司试图通过签订协议来改变双方关系性质的情况，您需要保持警惕，并咨询专业律师的意见来维护自己的权益。如果您有任何法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。