针对您提出的“渔船在挂靠公司，船是个人自己的，挂靠公司能扣押吗”这一问题，以下是我的详细解答：

1. 挂靠经营的法律性质与风险

在沿海水路运输经营中，船舶挂靠是一种普遍存在的经营行为，表现为无经营资质的船舶所有人将船舶所有权登记在有水路运输经营资质的船舶运输企业名下进行挂靠经营。这种挂靠经营模式不仅违反相关管理规定，还可能引发诸多法律纠纷，包括船舶权属纠纷、合同和侵权责任纠纷以及船舶扣押纠纷等。交通运输部及最高人民法院均对船舶挂靠经营持否定态度，并多次发文要求整治此类行为。

2. 挂靠公司扣押个人渔船的合法性分析

• 从法律层面看：挂靠公司并非船舶的实际所有人，其无权擅自扣押个人所有的渔船。船舶的所有权归属于个人，挂靠公司仅是基于挂靠协议提供一定的管理和服务，并不享有对船舶的处分权。

• 从实际操作看：如果挂靠公司因某种原因（如债务纠纷、管理费拖欠等）试图扣押个人渔船，这通常是不合法的。个人渔船的所有权人可以通过法律途径维护自己的权益，要求挂靠公司停止扣押行为，并可能要求赔偿因此造成的损失。

3. 可能的法律后果与建议

• 法律后果：如果挂靠公司擅自扣押个人渔船，可能构成侵权行为，需要承担相应的法律责任，包括赔偿损失、恢复原状等。

• 建议：

  • 明确挂靠协议条款：在签订挂靠协议时，应明确双方的权利和义务，特别是关于船舶所有权、使用权、处分权等方面的约定，以避免后续纠纷。
  • 加强沟通与协商：如果挂靠公司因某种原因提出扣押要求，个人渔船的所有权人应积极与挂靠公司沟通，寻求协商解决方案，避免矛盾升级。
  • 寻求法律帮助：如果协商无果，个人渔船的所有权人应及时寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的权益。

综上所述，挂靠公司无权擅自扣押个人所有的渔船。如果遇到此类情况，个人渔船的所有权人应积极维护自己的权益，必要时可寻求法律帮助。如果您有任何进一步的法律问题或需要更详细的解答，请随时向我咨询。