针对您提出的“民事纠纷案件分期还款怎么处理”这一问题，我将结合相关法律知识和实际案例，为您进行详细解答。

在民事纠纷案件中，若双方约定了分期还款但未明确具体还款期限和金额，处理起来确实需要谨慎。以您提到的案例为例，原告石勇诉被告郭山民间借贷纠纷一案中，双方约定三年内分期还清借款，但具体如何分期、每次还款多少并未明确。这种情况下，处理方式存在多种观点，但较为合理且符合法律精神的是以下处理方式：

首先，要明确的是，尽管双方约定了三年内分期还清借款，但具体分期还款时间和金额未明确，这实际上属于对履行期限约定不明确。根据《合同法》的相关规定（现《民法典》合同编也有类似规定），对于履行期限约定不明确的，债权人可以随时要求债务人履行，但应当给予债务人合理的准备时间。

在处理此类案件时，法院通常不会机械地等待约定的三年期限届满后再进行审理，因为这可能会剥夺债权人的诉权，不利于维护其合法权益。相反，法院会综合考虑案件的具体情况，包括双方当事人的约定、实际履行情况、债务人的还款能力等因素，来作出合理的判决。

具体到您的案例中，如果被告在约定的还款期限内分文未付，且没有合理的解释或证据表明其有履行还款义务的意愿和能力，那么原告作为债权人，有权要求被告提前还款或至少部分还款。法院在审理此类案件时，可能会判决被告在合理的时间内偿还部分或全部欠款，具体数额会根据案件的实际情况和法律规定来确定。

此外，如果被告的行为构成预期违约（即在约定的还款期限到来之前，其行为已经表明其将不履行还款义务），那么原告还有权要求解除合同，并要求被告全额返还借款。但这一处理方式需要法院根据案件的具体情况来判断是否构成预期违约。

综上所述，对于民事纠纷案件中的分期还款问题，如果双方未明确具体还款期限和金额，债权人可以随时要求债务人履行还款义务，但应当给予债务人合理的准备时间。法院在审理此类案件时，会综合考虑各种因素来作出合理的判决。希望这一解答能够对您有所帮助。