针对您提出的“民事诉讼判决书存在部分程序违法且已过时效可否投诉，向哪个部门投诉”的问题，以下是我的详细解答：
关于投诉的可行性：
- 程序违法与再审：如果民事诉讼判决书确实存在部分程序违法，且该违法可能影响了判决的公正性，那么您有权寻求法律救济。然而，需要注意的是，投诉并非直接针对程序违法的常规救济途径。在民事诉讼中，对于已生效的判决，如果认为存在错误（包括程序违法），通常的救济方式是申请再审。但再审申请有严格的时效限制，一般应在判决发生法律效力后六个月内提出（特殊情况可延长）。若已过此时效，再审申请可能不会被受理。
- 时效已过的影响：既然您提到已过时效，那么直接通过再审途径纠正程序违法的可能性大大降低。但这并不意味着您完全无法采取任何行动，只是需要寻找其他可能的途径或考虑接受判决结果。
关于投诉的部门：
- 上级法院：虽然投诉不是直接针对程序违法的常规方式，但如果您认为判决存在严重问题（包括程序违法），且希望引起上级法院的注意，您可以尝试向作出判决的上一级人民法院反映情况。不过，这更多是一种表达意见或寻求监督的方式，而非直接的救济途径。
- 纪检监察部门：如果怀疑判决不公涉及审判法官个人的违法犯罪行为（如受贿、徇私舞弊等），您可以向当地的纪委或人民检察院举报。但请注意，这需要确凿的证据支持，且举报内容应与法官的个人行为直接相关。
- 其他途径：除了上述途径外，您还可以考虑通过媒体曝光、网络论坛等方式表达您的意见和诉求。但这些方式并不具有法律效力，且可能引发不必要的争议和负面影响。
法律建议：
- 接受判决或寻求和解：在已过再审时效且无法通过其他途径有效纠正程序违法的情况下，您可能需要考虑接受判决结果或寻求与对方当事人的和解。
- 咨询专业律师：尽管我无法直接为您提供联系方式，但如果您有进一步的法律问题或需要更具体的建议，欢迎直接向我咨询。作为专业律师，我可以根据您的具体情况提供更个性化的法律分析和建议。
注意事项：
- 保持冷静和理性：在面对判决结果时，请保持冷静和理性，避免采取过激行为或发表不当言论。
- 尊重法律程序：无论结果如何，都请尊重法律程序和司法权威。通过合法途径表达诉求和寻求救济是维护自身权益的最佳方式。
综上所述，对于已过时效的民事诉讼判决书中的程序违法问题，投诉并非直接的救济途径。您可能需要考虑接受判决结果或寻求其他合法的解决方式。如有任何进一步的法律问题或需要更具体的建议，请随时向我咨询。