针对你提出的问题“判决书本院认为部分有问题，但是过了上诉期，再审时效怎么办？”，首先我要明确的是，如果判决书的“本院认为”部分确实存在问题，并且已经超过了上诉期和再审时效，那么情况确实比较棘手，但并非完全没有解决途径。以下是我为你提供的详细分析：
结论前置
在超过上诉期和再审时效的情况下，你仍然可以尝试通过以下途径来寻求救济：向法院申请再审（需符合特定条件）、向检察院申请抗诉、或者通过其他合法途径反映问题。
详细分析
向法院申请再审（需符合特定条件）：
- 虽然超过了再审时效，但如果你能提供新的证据，或者发现原判决存在严重的程序错误、适用法律错误等，且这些错误可能影响到判决结果的公正性，你仍然可以向法院申请再审。不过，这种情况下法院是否受理，以及受理后是否能改判，都存在很大的不确定性。
- 你需要准备充分的证据和材料来支持你的再审申请，包括但不限于新的证据、原判决存在错误的证明等。
向检察院申请抗诉：
- 如果你认为原判决存在法律适用错误或者程序错误，且这些错误符合检察院抗诉的条件，你可以向检察院申请抗诉。检察院在审查后，如果认为确实存在错误，可能会向法院提出抗诉，要求重新审理该案。
- 需要注意的是，检察院抗诉的条件相对严格，且抗诉程序相对复杂，你需要做好充分的准备和沟通工作。
通过其他合法途径反映问题：
- 除了上述两种途径外，你还可以通过向相关部门反映问题、寻求媒体曝光等方式来引起社会的关注和重视。虽然这些方式可能不能直接改变原判决的结果，但有可能推动相关部门对类似问题进行调查和整改，从而间接地维护你的合法权益。
法律建议
- 在采取任何行动之前，建议你先仔细研究相关的法律规定和司法解释，确保你的行动有法律依据和支持。
- 如果你对法律程序不熟悉，或者觉得自己的权益受到了严重的侵害，建议你寻求专业的法律援助或者咨询律师。我可以为你提供进一步的法律咨询和帮助。
总之，虽然超过了上诉期和再审时效，但你仍然有机会通过合法途径来寻求救济。不过，无论采取哪种途径，都需要你做好充分的准备和沟通工作，并咨询专业律师的意见和建议。