套种农作物是否违反《森林法》以及违反的具体条款，需根据实际情况判断。若在林地内未经许可套种农作物，可能违反《森林法》第三十九条。以下是对此问题的详细分析：

1. 套种农作物与《森林法》的关系：

   • 《森林法》旨在保护、培育和合理利用森林资源，加快国土绿化，保障森林生态安全，建设生态文明，实现人与自然和谐共生。
   • 若在林地内未经许可套种农作物，可能构成对林地资源的非法占用或破坏，从而违反《森林法》的相关规定。

2. 可能违反的《森林法》条款：

   • 根据《森林法》第三十九条，禁止毁林开垦、采石、采砂、采土以及其他毁坏林木和林地的行为。若套种农作物导致林地植被破坏或林木死亡，可能构成此条款所禁止的行为。
   • 具体是否违反以及违反的程度，需根据套种农作物的面积、对林地的影响程度、是否经过许可等因素综合判断。

3. 法律后果与建议：

   • 若套种农作物行为构成违法，可能面临林业行政处罚，包括罚款、责令恢复原状等。
   • 建议在进行套种农作物前，先了解当地林业政策，确保不违反相关法律法规。若已套种且可能构成违法，建议及时与当地林业部门沟通，寻求合法解决方案。

4. 特殊情况说明：

   • 如彭阳县自然资源局不予行政处罚决定书所示，若违法行为轻微且林地植被已自然恢复，没有造成危害后果，可能依据《行政处罚法》的相关规定不予行政处罚。但这并不意味着套种农作物行为本身合法，而是基于特定情况下的行政裁量。

总结：套种农作物是否违反《森林法》以及违反的具体条款，需根据实际情况判断。若在林地内未经许可套种农作物，可能构成对林地资源的非法占用或破坏，从而违反《森林法》的相关规定。建议在进行相关活动前，先了解当地林业政策，确保合法合规。如有任何法律问题或疑虑，可直接向我咨询。