子母公司员工变更是否影响劳动仲裁，需根据具体情况分析：
员工劳动关系主体未变更：
- 如果员工原本与母公司签订劳动合同，后因业务调整等原因被安排到子公司工作，但劳动合同主体（即用人单位）未发生变更，仍为母公司，那么员工的劳动关系并未实质性转移。在此情况下，若员工与母公司之间发生劳动争议并申请劳动仲裁，子公司的变更通常不会直接影响劳动仲裁的进行。劳动仲裁机构将主要依据母公司与员工之间的劳动合同及相关法律法规来审理案件。
员工劳动关系主体发生变更：
- 如果员工原本与母公司签订劳动合同，后因公司重组、业务剥离等原因，其劳动关系被正式转移到子公司名下，即与子公司签订了新的劳动合同，那么员工的劳动关系主体已经发生了变更。在此情况下，若员工与子公司之间发生劳动争议并申请劳动仲裁，劳动仲裁机构将主要依据子公司与员工之间的劳动合同及相关法律法规来审理案件。此时，子公司的变更将直接影响劳动仲裁的进行，因为仲裁的双方主体已经发生了变化。
特殊情况下的处理：
- 在某些特殊情况下，如子母公司之间存在关联交易、人员混用等情形，可能导致劳动关系的认定变得复杂。此时，劳动仲裁机构在审理案件时，可能会综合考虑子母公司之间的实际关系、员工的实际工作情况以及相关法律法规的规定，来作出公正的裁决。
法律建议：
- 对于员工而言，在子母公司员工变更过程中，应密切关注自己的劳动合同主体是否发生变更，并妥善保存相关证据材料（如劳动合同、工资单、工作证等），以便在发生劳动争议时能够维护自己的合法权益。
- 若员工对子母公司员工变更过程中的劳动关系认定存在疑问或担忧，建议及时咨询专业律师（如我），以便获得针对性的法律建议和帮助。
可能的法律后果：
- 如果员工在子母公司员工变更过程中未能妥善处理自己的劳动关系，可能导致劳动争议的发生，进而面临劳动仲裁或诉讼的风险。
- 在劳动仲裁或诉讼过程中，若员工未能提供充分证据证明自己的劳动关系主体或相关权益，可能面临不利后果，如仲裁请求或诉讼请求被驳回等。
综上所述，子母公司员工变更是否影响劳动仲裁需根据具体情况分析。员工在面临此类情况时，应保持警惕并妥善处理自己的劳动关系问题。如有任何疑问或担忧，请及时向我咨询。