本票超过提示付款期限后，申请人能否追回款项，需分情况讨论：

1. 若在提示付款期内发出过提示付款请求：

   • 根据《电子商业汇票业务管理办法》第六十六条的规定，持票人（即本票申请人）在超过提示付款期提示付款被拒付的，若其在提示付款期内曾发出过提示付款，则可向所有前手拒付追索。这意味着，如果申请人在提示付款期内已经尝试过提示付款，即使超过了提示付款期限，他仍然有权向所有前手（包括出票人、背书人等）进行追索，以追回款项。

2. 若未在提示付款期内发出过提示付款请求：

   • 同样根据《电子商业汇票业务管理办法》第六十六条，持票人超过提示付款期提示付款被拒付的，若未在提示付款期内发出过提示付款，则只可向出票人、承兑人拒付追索。在这种情况下，申请人将丧失对前手（除出票人、承兑人外）的追索权，只能向出票人或承兑人追索款项。如果出票人或承兑人账户余额不足或拒绝支付，申请人可能面临无法追回款项的风险。

法律建议：

• 及时行使权利：作为本票申请人，应当密切关注本票的提示付款期限，并在期限内及时行使提示付款的权利。这样可以确保在发生拒付情况时，能够保留对所有前手的追索权，增加追回款项的可能性。

• 保留证据：在行使提示付款权利时，务必保留好相关的证据，如提示付款的记录、拒付的通知等。这些证据在后续可能发生的法律纠纷中，将起到至关重要的作用。

• 咨询专业律师：如果对本票的提示付款期限、追索权等法律问题存在疑问，建议及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况，提供针对性的法律建议和解决方案。

总结：

本票超过提示付款期限后，申请人能否追回款项取决于其在提示付款期内是否发出过提示付款请求。如果发出过，则有权向所有前手追索；如果未发出过，则只能向出票人、承兑人追索。因此，作为申请人，应当及时行使权利并保留好相关证据，以维护自己的合法权益。如有任何法律问题或疑虑，欢迎随时向我咨询。