针对您提出的“超过三年发现医院医疗事故怎么处理”的问题，以下是我为您提供的清晰、详细、有深度的解答：
首先，需要明确的是，医疗事故纠纷的诉讼时效一般为三年，从患者知道或者应当知道其身体健康受到损害之日起计算。若医疗事故超过三年才发现，理论上您仍然有权向人民法院提起诉讼，但此时对方可能会以超过诉讼时效为由进行抗辩。不过，如果对方未提出此抗辩，法院将会正常审理您的案件。
即便超过三年起诉，若存在诉讼时效中断（如您曾向医院主张权利、医院同意履行义务等）或中止（如不可抗力等阻碍您行使请求权的法定事由）的情形，您仍有可能胜诉。因此，在决定起诉前，建议您先回顾一下是否有相关证据可以证明诉讼时效的中断或中止。
除了诉讼途径外，您还可以考虑以下几种方式来解决医疗事故问题：
与医院协商：您可以尝试与医院进行协商，看是否能够达成赔偿协议。这种方式相对灵活，且可以避免诉讼带来的时间和精力消耗。
向卫生行政部门反映：您可以向当地的卫生行政部门反映情况，请求其介入调解。卫生行政部门会根据具体情况，在双方自愿的基础上组织调解，促使医患双方达成一致。
通过医疗纠纷人民调解委员会调解：医疗纠纷人民调解委员会具有专业性和中立性，能为双方提供较为公平公正的调解方案。您可以考虑通过该委员会进行调解，以化解纠纷。
关于医疗事故的赔偿问题，即使超过三年，若存在诉讼时效中断或中止的情况，您仍可主张赔偿。赔偿项目通常包括医疗费、误工费、护理费、残疾生活补助费等，具体赔偿金额需根据实际情况确定。不过，如果医疗机构自愿赔偿，法律并不禁止。
最后，需要提醒您的是，虽然超过三年发现医疗事故仍有可能通过法律途径或其他方式解决，但为了避免因时间过长导致证据难以收集、事实难以查明等问题，建议您一旦发现可能的医疗事故，就应及时关注自身权益，在规定时间内主张权利。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。