针对您提出的问题，即受害人垫付5000押金入院后申请了道路交通救护基金应如何处理，以下是我的详细解答：

1. 关于押金与救护基金的关系：

   • 首先，需要明确的是，受害人垫付的押金与申请的道路交通救护基金是两个不同的概念。押金是受害人为了入院治疗而预先支付的费用，而道路交通救护基金则是为了在交通事故中受伤的人员提供紧急医疗救助而设立的专项资金。
   • 受害人垫付押金后，并不影响其申请道路交通救护基金的权利。只要受害人符合救护基金的申请条件，就可以按照相关程序进行申请。

2. 关于救护基金的申请与使用：

   • 受害人申请道路交通救护基金时，需要提供相关的证明材料，如交通事故认定书、医疗费用清单等，以证明其符合申请条件。
   • 一旦申请获得批准，救护基金将用于支付受害人的医疗费用，包括但不限于住院费、手术费、药品费等。但需要注意的是，救护基金的使用通常有一定的限制和规定，如可能只覆盖部分医疗费用，或者需要受害人先自行支付一定比例的费用等。

3. 关于押金的处理：

   • 在受害人获得道路交通救护基金的救助后，其之前垫付的押金可以根据实际情况进行处理。如果救护基金已经覆盖了受害人的全部医疗费用，那么押金可以退还给受害人。
   • 如果救护基金只覆盖了部分医疗费用，那么押金可以用于支付剩余的费用。在这种情况下，受害人需要与医院或相关部门进行沟通，明确押金的使用方式和退还条件。

4. 建议与注意事项：

   • 受害人应及时了解并熟悉道路交通救护基金的申请流程和规定，确保自己能够顺利获得救助。
   • 在处理押金和救护基金的问题时，受害人应保留好相关的凭证和文件，以便在需要时进行证明和核对。
   • 如果在处理过程中遇到任何问题或困难，受害人可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。

综上所述，受害人垫付押金入院后申请道路交通救护基金并不冲突，两者可以并行处理。在处理过程中，受害人需要了解并遵守相关的规定和流程，确保自己的权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。