在申请强制执行的过程中，如果被执行人已经还款了，您应当及时采取以下措施来确保执行程序的顺利终结并维护自己的合法权益：

一、及时联系执行法院

首先，您需要尽快与负责该执行案件的法院取得联系，通知执行法官被执行人已经履行了还款义务。这是确保执行程序能够及时、准确终结的关键一步。

二、提交还款凭证

为了证明被执行人确实已经还款，您需要向法院提交相关的还款凭证。这些凭证可以包括银行转账记录、收款收据、被执行人出具的还款确认书等。这些证据将帮助法院核实还款情况，并作为裁定终结执行程序的依据。

三、法院核实与裁定

法院在收到您的还款凭证后，会进行核实。一旦核实无误，法院将裁定终结本次执行程序。这意味着执行程序将正式结束，您无需再担心被执行人未履行还款义务的问题。

四、更新执行信息与解除措施

随着执行程序的终结，法院会在相关系统中更新执行信息。同时，被执行人之前可能因未履行还款义务而被采取的失信、限高等执行措施，通常也会相应解除。这将有助于被执行人恢复正常的生活和经济活动。

五、保存还款记录与要求书面证明

为了确保后续可能出现的查询或其他法律程序需求，您应当妥善保存好所有的还款记录。此外，您还可以要求法院出具执行完毕的书面证明。这份证明将彻底消除因该执行案件带来的潜在法律风险，为您的合法权益提供有力保障。

六、关注后续事宜

虽然还款后执行程序通常会相应终结，但您仍需关注一些后续事宜。例如，如果因还钱而导致自身经济状况发生较大变化，影响到正常生活或后续债务偿还能力等情况，您应及时向法院说明。此外，如果被执行人在还款过程中存在任何欺诈或隐瞒行为，您也有权向法院反映并寻求法律帮助。

总之，在申请强制执行的过程中，如果被执行人已经还款了，您应当及时与执行法院联系并提交相关还款凭证。通过法院的核实与裁定，您可以确保执行程序的顺利终结并维护自己的合法权益。