结论前置：信用卡本金25万逾期5000元，是否算恶意透支，不能仅凭逾期金额来判断，而需结合持卡人是否具有非法占有目的、银行是否进行了两次有效催收以及催收后是否超过三个月仍未归还等具体情况来综合判断。
详细分析：
非法占有目的的判定：
- 恶意透支的核心在于持卡人是否具有非法占有目的。若持卡人明知没有还款能力而大量透支，或透支后通过逃匿、改变联系方式等手段逃避银行催收，则很可能被认定为具有非法占有目的。
- 在您的情况下，仅凭逾期5000元这一信息，无法直接判断持卡人是否具有非法占有目的。需要综合考虑持卡人的还款能力、透支后的行为表现等因素。
有效催收及时间条件的满足：
- 银行需进行两次有效催收，并在催收后超过三个月持卡人仍不归还，才能构成恶意透支。
- 有效催收需满足特定条件，如催收方式应能确认持卡人收悉，两次催收至少间隔三十日等。
- 在您的情况下，若银行未按照要求进行两次有效催收，或催收后未超过三个月持卡人即已归还部分或全部款项，则不能认定为恶意透支。
法律后果与建议：
- 若被认定为恶意透支，且数额较大（如五万元以上不满五十万元），则可能面临刑事处罚。
- 然而，若在公安机关立案后人民法院判决宣告前已偿还全部透支款息，可以从轻处罚，情节轻微的，可以免除处罚。
- 因此，建议您尽快与银行联系，了解具体情况并寻求解决方案。如果确实存在困难，可以与银行协商制定还款计划，以避免可能的法律风险和信用损失。
多角度回答：
从持卡人角度：
- 若您确实因经济困难等原因导致逾期，建议尽快与银行沟通，说明情况并寻求还款方案。
- 避免通过逃匿、改变联系方式等手段逃避银行催收，以免被认定为具有非法占有目的。
从银行角度：
- 银行在催收过程中应严格遵守相关法律法规，确保催收方式合法合规。
- 若持卡人逾期未还，银行应进行两次有效催收，并在催收后超过三个月仍未归还的情况下，再考虑是否采取法律手段。
从法律角度：
- 恶意透支的认定标准严格且明确，需综合考虑多个因素。
- 若被认定为恶意透支，持卡人可能面临刑事处罚，但及时偿还全部透支款息可从轻处罚或免除处罚。
总结：信用卡本金25万逾期5000元是否算恶意透支，需结合具体情况来判断。建议您尽快与银行联系，了解具体情况并寻求解决方案。如有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。