针对您提出的问题——已经竣工验收备案且已经过质保期，但使用品牌与甲方指定品牌不一致如何处理，以下是我的详细分析和建议：
合同条款审查：
- 首先，需要仔细审查与甲方签订的合同，特别是关于材料品牌、规格、质量标准等条款的约定。如果合同中明确规定了必须使用甲方指定的品牌，而实际施工中未使用，那么这可能构成违约行为。
法律后果分析：
- 如果确实存在违约行为，根据合同法的相关规定，甲方有权要求乙方（即施工方）承担违约责任，包括但不限于赔偿损失、更换符合要求的材料等。
- 然而，由于工程已经竣工验收备案且已经过质保期，这可能会对甲方的索赔权利产生一定影响。一般来说，质保期是施工方对工程质量承担保证责任的期限，质保期过后，施工方对工程质量的保证责任会相应减轻或免除。但在此情况下，由于涉及的是材料品牌问题，而非工程质量本身，因此质保期的经过可能并不完全免除施工方的责任。
实际处理建议：
- 协商解决：建议首先与甲方进行协商，说明情况，并探讨可能的解决方案。例如，可以提出更换符合要求的材料、给予甲方一定的经济补偿等。
- 法律途径：如果协商无果，甲方可能会选择通过法律途径解决争议。在此情况下，施工方需要积极应对，准备相关证据材料，如合同、验收记录、质保期证明等，以证明自己的行为并未对工程质量造成实质性影响，或者证明甲方在合同履行过程中也存在一定过错。
- 风险评估：施工方还需要评估因品牌不一致可能带来的其他风险，如甲方因此拒绝支付工程款、要求解除合同等，并提前制定应对策略。
预防措施：
- 为了避免类似问题的再次发生，施工方在今后的项目中应更加严格地遵守合同约定，特别是在材料采购和使用方面。
- 同时，建议在合同中明确约定材料品牌变更的审批程序和责任承担方式，以便在出现问题时能够有明确的依据进行处理。
综上所述，虽然工程已经竣工验收备案且已经过质保期，但使用品牌与甲方指定品牌不一致的问题仍然需要认真对待。建议施工方首先与甲方进行协商，探讨解决方案；如果协商无果，则需要积极准备法律应对措施，并评估可能的风险。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。