核心前提：用户询问的是在保险公司已经按照责任比例赔偿了医药费后，次要责任方承担部分的医药费是否可以由工伤保险基金进行赔偿。

结论：

1. 一般情况下，工伤保险基金不重复赔偿已由第三方（如保险公司）赔偿的部分：

   • 根据《工伤保险条例》及相关法律法规，工伤保险基金主要用于支付因工作原因受到的伤害或职业病所产生的医疗费用、康复费用、伤残津贴等。然而，如果这些费用已经由第三方（如保险公司）按照责任比例进行了赔偿，那么工伤保险基金通常不会再次赔偿这部分已经得到补偿的费用。

2. 特殊情况下的补充赔偿：

   • 在某些特殊情况下，如果工伤保险基金认为第三方赔偿不足以覆盖受害者的全部损失，或者存在其他需要补充赔偿的情形，工伤保险基金可能会根据具体情况进行一定的补充赔偿。但这通常需要严格的审核程序，并且并非所有情况都适用。

3. 关于次责承担部分的医药费：

   • 在交通事故或其他涉及责任划分的伤害事件中，如果受害者同时享有工伤保险待遇，那么对于次要责任方承担部分的医药费，工伤保险基金一般不会直接进行赔偿。因为这部分费用已经由责任方（或其保险公司）按照责任比例进行了承担。

建议：

• 如果您或您身边的人遇到了类似的情况，建议首先详细了解工伤保险基金和保险公司的赔偿政策及流程。
• 同时，可以咨询专业的法律人士（如我），以便更准确地了解您的权益和可能的赔偿途径。
• 在处理此类问题时，务必保留好所有相关的医疗记录、费用清单、责任认定书等证据材料，以便在需要时提供证明。

如有任何法律问题，欢迎直接向我咨询。