股东查账负有保密义务的情形下，签订保密协议是有必要的。以下从多个角度进行分析：

1. 维护公司利益的角度：

   • 公司运营中存在大量的商业秘密，包括但不限于客户信息、技术资料、财务数据等。股东在查账过程中，可能会接触到这些核心信息。
   • 签订保密协议可以明确股东的保密义务，防止信息外流，从而维护公司的利益和竞争优势。在没有保密协议约束的情况下，股东可能因利益诱惑而泄露公司机密，给公司带来损失。

2. 明确股东责任与义务的角度：

   • 保密协议可以以书面形式明确股东的保密责任和义务，规范其行为。
   • 若股东违反保密协议，公司可以依据协议内容追究其法律责任，包括但不限于要求赔偿损失、承担违约责任等。

3. 针对有竞争关系的股东：

   • 对于存在竞争关系的股东，保密协议尤为重要。它可以约束股东不将查账过程中获得的信息用于与公司竞争的目的，从而保障公司的市场地位和竞争优势。

4. 法律实践的角度：

   • 在法律实践中，许多公司都会要求股东在查账前签订保密协议，以确保公司信息的保密性。
   • 保密协议的内容通常包括保密信息的范围、保密期限、保密措施以及违约责任等条款，为公司的信息保密提供了法律保障。

综上所述，股东查账负有保密义务的情形下，签订保密协议是有必要的。它不仅可以维护公司的利益和竞争优势，还可以明确股东的保密责任和义务，规范其行为。若您在股东查账或保密协议方面有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。