公司裁员时，不能从在职员工工资中扣除补偿金。以下是对这一问题的详细分析：

1. 裁员与工资支付：

   • 根据相关法律法规，用人单位与劳动者解除劳动合同时，应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这意味着，在裁员的情况下，公司应当正常结算员工的工资，并不得随意扣除。

2. 经济补偿的支付：

   • 如果公司依法进行裁员，那么它需要按照劳动者在本单位工作的年限来支付经济补偿。具体来说，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这一经济补偿与工资是分开的，不能从工资中扣除。

3. 特殊情况下的工资扣除：

   • 只有在劳动者故意或重大过失给用人单位造成经济损失的情况下，用人单位才能按照劳动合同的约定要求其赔偿，并从工资中扣除相应的费用。但即便如此，每月扣除的部分也不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余的工资不得低于当地月最低工资标准。这一规定并不适用于公司裁员的情况。

4. 违法扣工资的后果：

   • 如果公司违法扣除员工的工资，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。

综上所述，公司裁员时不能从在职员工工资中扣除补偿金。如果公司试图这样做，员工有权采取法律手段来维护自己的合法权益。如果您在裁员过程中遇到任何问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。