针对您提出的“因甲方要求保密，合作协议乙方没有合同怎么说明”这一问题，以下是我的详细分析和建议：

1. 核心前提与问题重述：

   • 核心前提：甲方要求保密，导致乙方未能获得正式的合作协议合同。
   • 问题重述：乙方在缺乏正式合同的情况下，如何证明合作关系的存在及双方的权利义务。

2. 法律分析与建议：

   • 证据收集与整理：

     • 乙方应首先收集所有与甲方合作相关的证据，包括但不限于电子邮件、短信、微信聊天记录、会议纪要、工作成果交付记录、付款凭证等。这些证据应能够证明双方之间存在合作关系，以及合作的具体内容和范围。
     • 特别注意收集那些能够体现甲方对合作提出保密要求，以及乙方因此未能获得正式合同的证据。

   • 口头协议的证明：

     • 如果双方之间存在口头协议，乙方应尽可能找到能够证明口头协议存在的第三方证人，或者收集其他能够间接证明口头协议内容的证据。
     • 在某些情况下，法院可能会根据双方的交易习惯、行业惯例等因素，推断出双方之间存在口头协议。

   • 法律后果与风险：

     • 缺乏正式合同可能导致乙方在维权时面临更大的困难，因为合同是明确双方权利义务的重要法律依据。
     • 如果双方发生纠纷，乙方可能需要通过诉讼或仲裁等方式来解决争议。在这种情况下，乙方应充分准备证据，以证明自己的主张。

   • 预防措施与建议：

     • 在未来的合作中，乙方应坚持要求签订正式的合作协议，并明确双方的权利义务、保密条款、违约责任等内容。
     • 如果甲方再次提出保密要求，乙方可以与甲方协商，在保密的前提下签订一份简化的合作协议或备忘录，以明确双方的基本合作框架和权利义务。

3. 实际操作建议：

   • 乙方应尽快整理并保存所有与甲方合作相关的证据，以备不时之需。
   • 如果可能的话，乙方可以尝试与甲方进行沟通，看是否能够补签一份正式的合作协议。
   • 如果双方发生纠纷，乙方应及时咨询专业律师，了解自己的法律权益和维权途径。

综上所述，虽然乙方因甲方要求保密而未能获得正式的合作协议合同，但乙方仍可以通过收集和整理相关证据来证明合作关系的存在及双方的权利义务。在未来的合作中，乙方应坚持要求签订正式的合作协议，以明确双方的权利义务并降低法律风险。如果您有任何进一步的法律问题或需要更具体的建议，请直接向我咨询。