在民事诉讼中，如果在二审判决生效执行阶段才发现被执行人主体不适格，应当依据相关法律规定进行更正。以下是我的详细分析和建议：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，执行过程中如果发现被执行人主体不适格，即被执行人并非应当承担法律责任的主体，执行法院应当裁定中止执行，并告知申请执行人可以变更或追加被执行人。
   • 具体来说，如果发现被执行人并非真正的债务人或者责任承担者，执行法院应当依据《民事诉讼法》中关于执行异议和执行复议的规定，对执行行为进行审查，并作出相应的裁定。

2. 更正程序：

   • 提出异议：申请执行人或相关利害关系人可以向执行法院提出书面异议，说明被执行人主体不适格的情况，并提供相关证据。
   • 法院审查：执行法院在收到异议后，应当进行审查。审查过程中，法院可以要求申请执行人、被执行人以及其他相关利害关系人提供证据或进行陈述。
   • 裁定更正：如果法院审查后认为被执行人主体确实不适格，应当裁定中止执行，并告知申请执行人可以变更或追加被执行人。申请执行人可以根据法院的裁定，向法院申请变更或追加被执行人。

3. 注意事项：

   • 及时提出：一旦发现被执行人主体不适格，申请执行人应当尽快向执行法院提出异议，以免错过更正的最佳时机。
   • 提供证据：在提出异议时，申请执行人应当提供充分的证据证明被执行人主体不适格，以便法院能够作出正确的裁定。
   • 遵循程序：在整个更正过程中，申请执行人应当严格遵循法律程序，不得采取任何违法或不当的行为。

4. 可能的法律后果：

   • 如果申请执行人未能及时发现并更正被执行人主体不适格的情况，可能会导致执行程序无法顺利进行，甚至可能造成执行错误，给相关利害关系人带来不必要的损失。
   • 因此，申请执行人在执行过程中应当保持高度警惕，一旦发现被执行人主体不适格的情况，应当立即采取措施进行更正。

综上所述，如果在民事诉讼的二审判决生效执行阶段发现被执行人主体不适格，申请执行人应当依据相关法律规定及时向执行法院提出异议，并遵循法律程序进行更正。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。