在工程案子中，甲方应该扣几个点的税，这并非一个固定不变的数字，而是取决于多个因素，包括工程类型、计税方式、合同条款等。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

1. 计税方式的影响：

   • 一般计税方法：对于采用一般计税方法的工程，建筑服务通常适用9%的税率。这意味着，如果工程服务属于建筑服务范畴，且没有特殊计税规定，甲方可能会按照9%的税率来扣税。
   • 简易计税方法：在某些特定情况下，如建筑工程老项目、甲供工程或清包工服务，可以选择简易计税方法，此时税率可能为3%。因此，如果工程符合这些条件，甲方可能会按照3%的税率来扣税。

2. 工程类型的影响：

   • 不同类型的工程可能适用不同的税率。例如，设备销售可能适用13%的税率，而信息技术服务（如工地用的项目管理软件、监控系统维护等）则可能适用6%的税率。因此，甲方在扣税时，需要根据工程的具体类型来确定适用的税率。

3. 合同条款的影响：

   • 合同条款是确定扣税比例的关键因素之一。合同中应明确服务内容、税率、发票类型等关键信息。如果合同条款约定不清或存在歧义，可能会导致甲方在扣税时产生困惑或争议。因此，在签订合同前，双方应充分协商并明确相关条款。

4. 特殊情况的处理：

   • 在某些特殊情况下，如甲供工程陷阱、清包工混淆或合同拆分技巧等，甲方在扣税时需要特别注意。这些情况可能涉及税率的调整或特殊计税方法的适用。因此，在处理这些特殊情况时，甲方应咨询专业律师或税务顾问以确保合规性。

综上所述，工程案子中甲方应该扣几个点的税并非一个简单的问题。它取决于多个因素的综合影响。为了确保合规性和准确性，甲方在扣税前应充分了解相关税法规定、工程类型、合同条款以及特殊情况的处理方法。如果有任何疑问或不确定之处，建议直接向我咨询以获取专业的法律意见。