针对您提出的“50万工程款正常要扣多少税”的问题，由于税款计算涉及多个税种和因素，无法直接给出一个确切的数额。但我可以为您详细解析可能涉及的税种及其计算方法，以便您根据自身情况进行具体计算。

1. 增值税：

   • 一般纳税人：若您为一般纳税人，提供建筑服务的税率为9%。若50万为含税工程款，则不含税销售额约为458715.6元，销项税额约为41284.4元。实际应纳税额还需考虑可抵扣的进项税额。此外，若符合条件，也可选择简易计税方法，征收率为3%，应纳税额约为14563.1元。
   • 小规模纳税人：若您为小规模纳税人，征收率为3%，但自2023年1月1日至2027年12月31日，减按1%征收率征收增值税。因此，应纳税额约为4950.5元。

2. 城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加：

   • 这三项税费以实际缴纳的增值税为计税依据。具体税额根据所在地不同而有所差异，城市维护建设税税率分为7%（市区）、5%（县城、镇）和1%（不在市区、县城或镇的）；教育费附加税率为3%；地方教育附加税率一般为2%。以小规模纳税人缴纳增值税4950.5元为例，这三项附加税费合计约为594.07元。

3. 企业所得税：

   • 企业所得税按年计算，分月或分季预缴。具体税额需根据应纳税所得额和适用税率计算。假设50万工程款扣除成本、费用等后，应纳税所得额为5万元，则企业所得税可能为12500元（一般企业，税率为25%）或2500元（小型微利企业，减按20%税率缴纳）。

4. 印花税：

   • 建筑工程合同的印花税税率为价款的万分之三。因此，50万工程款的印花税为150元。

综上所述，50万工程款涉及的税款包括增值税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加、企业所得税和印花税等。具体税额需根据纳税人身份、成本费用情况、税收政策等因素综合确定。为了准确计算税款并避免税务风险，建议您在收到工程款后及时向我咨询，以便根据您自身情况和当地税收政策进行精确计算和合规申报。