结论前置：版权双方持有但销售权约定甲方全权持有是合法的，只要这种约定是双方真实意思的表示，且不违反相关法律法规的强制性规定。
详细分析：
在版权法中，版权是可以由多个主体共同持有的。当版权由双方共同持有时，双方可以协商约定各自的权利范围。销售权作为版权中的一项重要权利，同样可以通过协议进行分配。
双方约定的合法性：根据《中华人民共和国著作权法》及相关法律法规，版权持有者可以对其享有的版权进行分割或转让。因此，如果双方明确约定销售权由甲方全权持有，且这一约定是双方自愿、平等、真实的意思表示，那么这一约定就是合法的。
不违反强制性规定：需要注意的是，双方的约定不能违反法律法规的强制性规定。例如，如果法律法规规定某些特定类型的作品销售权不得转让或必须共同行使，那么双方的约定就必须遵守这些规定。否则，约定可能会因违法而无效。
实际操作的考虑：在实际操作中，为了确保约定的有效性，双方最好签订书面协议，并明确约定各自的权利、义务以及违约责任。这样，一旦发生纠纷，双方可以依据协议来维护自己的合法权益。
综上所述，版权双方持有但销售权约定甲方全权持有是合法的，前提是这种约定是双方真实意思的表示，且不违反相关法律法规的强制性规定。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。