针对您提出的问题，即股东百分百独立控股、法人无工资无社保、股东不配合注销的情况下，法人应如何注销公司，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，尽管股东不配合，但法人仍然有责任和义务按照相关法律法规来推进公司的注销流程。以下是一些具体的步骤和建议：

1. 查阅公司章程：

   • 仔细检查公司章程中是否有关于公司注销的特别规定，特别是关于股东签字等程序要求。
   • 如果章程中有明确规定，需要按照这些规定来操作。

2. 召集股东会：

   • 尽管股东不配合，但法人作为公司的法定代表人，有权召集股东会就公司注销事项进行决议。
   • 在股东会上，需要明确阐述注销的原因、方式、步骤等内容，并争取获得代表三分之二以上表决权的股东同意。

3. 形成有效决议：

   • 如果股东会能够就注销事项形成有效决议（即代表三分之二以上表决权的股东同意），那么即便部分股东不配合签字，也可依据此决议推进注销流程。

4. 提交注销申请：

   • 持有效的股东会决议、清算报告等必要文件，向公司登记机关（如工商行政管理部门）申请注销登记。
   • 登记机关会对提交的材料进行审核，如果材料齐全且符合法定形式，将依法办理注销登记手续。

5. 考虑诉讼途径：

   • 如果股东会无法就注销事项形成有效决议，或者股东拒绝配合导致注销流程无法推进，法人可以考虑通过诉讼途径来解决。
   • 可以以公司僵局为由向法院提起诉讼，请求法院判决解散公司，并在法院的主持下进行清算和完成注销。

6. 注意法人责任：

   • 在整个注销过程中，法人需要确保所有操作都符合法律法规的要求，并承担起相应的责任。
   • 如果因为法人的过失或违法行为导致公司注销流程受阻或产生其他法律问题，法人可能需要承担相应的法律责任。

7. 咨询专业人士：

   • 由于公司注销涉及的法律问题较为复杂，建议法人在推进注销流程时咨询专业的律师或会计师，以确保操作的合法性和有效性。

综上所述，尽管股东不配合注销，但法人仍然可以通过召集股东会、形成有效决议、提交注销申请等步骤来推进公司的注销流程。如果遇到困难或法律问题，可以考虑通过诉讼途径解决，并咨询专业人士以确保操作的合法性和有效性。