拥有国有工业土地使用证并取得建设工程许可证的商铺是合法的。下面我将从法律角度为您详细解释：

1. 国有工业土地使用证的法律效力：

   • 国有工业土地使用证是土地使用者依法对国有土地享有使用权的法律凭证。持有该证，意味着土地使用者有权在规定的期限内按照批准的土地用途使用土地。
   • 对于商铺而言，如果其所在的土地是国有工业用地，并且已经取得了国有工业土地使用证，那么该商铺在土地使用方面就具备了合法性。

2. 建设工程许可证的法律意义：

   • 建设工程许可证是建设行政主管部门颁发的，证明建设单位按城乡规划要求经有关部门审核后，允许其进行工程建设的法律凭证。
   • 取得建设工程许可证，意味着建设单位已经按照法定程序办理了相关审批手续，并获得了建设工程的合法许可。
   • 对于商铺而言，如果其建设已经取得了建设工程许可证，那么该商铺在建设方面就具备了合法性。

3. 综合判断：

   • 当一个商铺同时拥有国有工业土地使用证和建设工程许可证时，它在土地使用和建设方面都具备了合法性。
   • 因此，这样的商铺是合法的，可以依法进行经营和使用。

综上所述，拥有国有工业土地使用证并取得建设工程许可证的商铺是合法的。如果您在商铺的合法性方面还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。