针对您提出的问题，关于车主开车时被飞来石头砸穿玻璃导致毁容的赔偿问题，这是一个涉及多个可能责任方和赔偿途径的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答：
一、确定责任主体
施工区域飞石：
- 如果道路附近有施工区域，且因未设置合理防护设施导致飞石产生，根据《民法典》的相关规定，施工方应承担侵权责任。
道路两旁树木自然脱落或枝干断裂：
- 如果飞石是由道路两旁树木自然脱落或枝干断裂所致，树木的管理人或所有人需承担侵权责任，除非他们能证明自己没有过错。
运输车辆撒漏：
- 如果石子是由相关运输车辆封堵不严造成的撒漏，并且由于自身或其他车辆碾压飞起砸到车上，根据《公路安全保护条例》，车辆驾驶人、押运人员及道路运输企业应当依法承担赔偿责任。
难以确定责任主体：
- 如果难以确定具体责任主体，建议报警，由相关部门进行调查认定后确定赔偿方。
二、保险赔偿
玻璃单独破碎险：
- 如果车辆投保了玻璃单独破碎险，且仅车玻璃被飞石砸坏，保险公司通常会在保险责任范围内进行赔偿。
车损险：
- 如果车辆还投保了车损险，并且飞石砸车除了造成玻璃破碎外，还导致车身其他部位也有损伤，那么可以通过车损险进行理赔。
- 需要注意的是，保险合同中可能有免赔条款，如车辆未按规定年检等，可能会影响理赔。
索赔流程：
- 及时向保险公司报案，并保留好现场等相关证据。
- 如果存在第三方责任，保险公司赔偿后可能会行使代位求偿权向第三方追偿。
三、法律途径
- 如果对赔偿存在争议，或者无法确定责任方，车主可以直接向法院提起诉讼，根据责任判定，按程序进行赔偿。
四、特殊情况
- 如果事故发生在特定场所，如小区内，可能还需要考虑物业是否尽到了安全保障义务。
五、总结
综上所述，车主在遭遇飞石砸穿玻璃导致毁容的情况时，应首先确定责任主体，并尝试通过保险或法律途径进行赔偿。在整个过程中，保留好相关证据和记录是非常重要的，以便在需要时提供证明。如果赔偿问题复杂或争议较大，建议咨询专业律师以获取更详细的法律建议和支持。