民营股东总经理任国企领导人员，在一般情况下是算作经商办企业的。但具体是否违规，还需结合实际情况和相关法律法规进行具体分析。以下是对此问题的详细解答：

1. 相关法规禁止性规定：

   • 根据《国有企业领导人员廉洁从业若干规定》，国有企业领导人员在任职期间有明确的禁止性行为，其中包括不得个人从事营利性经营活动和有偿中介活动，以及不得在本企业的同类经营企业、关联企业和与本企业有业务关系的企业投资入股。

2. 民营股东总经理的身份分析：

   • 如果民营股东总经理同时担任国企领导人员，其身份就具有双重性。一方面，他是民营企业的股东或总经理，可能涉及经商办企业；另一方面，他又是国企的领导人员，需要遵守国企领导人员的廉洁从业规定。

3. 是否构成经商办企业的判断：

   • 要判断民营股东总经理任国企领导人员是否构成经商办企业，关键在于其是否利用国企领导人员的身份或职务之便，为个人或民营企业谋取私利。
   • 如果其只是单纯地担任国企领导人员，并未利用该身份或职务之便从事营利性活动，那么可能不构成经商办企业。
   • 但如果其利用国企领导人员的身份或职务之便，为民营企业谋取利益，或者将国企的商业机会、资源等转移给民营企业，那么就可能构成经商办企业，并违反相关法律法规。

4. 违规后果：

   • 如果国有企业领导人员违反相关规定经商办企业，可能会面临纪律处分、行政处罚甚至刑事责任等严重后果。

5. 建议与总结：

   • 民营股东总经理在担任国企领导人员时，应严格遵守相关法律法规和廉洁从业规定，避免利用国企领导人员的身份或职务之便从事营利性活动。
   • 国有企业也应加强对领导人员的监督和管理，确保其行为合法合规。
   • 如果存在任何疑问或不确定的情况，建议及时咨询专业律师或相关部门进行明确。

综上所述，民营股东总经理任国企领导人员是否算作经商办企业，需要根据具体情况进行判断。但无论如何，都应遵守相关法律法规和廉洁从业规定，确保行为合法合规。